Trong giai đoạn từ 1999 đến tháng 12/2003, với Ban chấp hành lâm thời gồm 03 đồng chí và chủ tịch là ông Phạm Khắc Mã, đoàn viên công đoàn chủ yếu là đội ngũ cán bộ Ban Quản lý Dự án Nhà máy Nhiệt điện Na Dương.
Giai đoạn quản lý Dự án là giai đoạn khó khăn nhất của công đoàn cơ sở. Trong những năm đầu, số lượng đoàn viên công đoàn ít (biến động từ 20 đến 50 người), kinh phí công đoàn thấp, cơ sở đứng chân ở vùng sâu, vùng xa, hạ tầng kỹ thuật xã hội hầu như không có gì, trình độ dân trí địa bàn không cao, tình hình trật tự an toàn xã hội diễn biến phức tạp. Mặc dù vậy, bằng sự nỗ lực của tập thể cán bộ đoàn viên công đoàn Nhà máy, các phong trào công nhân viên chức và hoạt động công đoàn của cơ sở luôn được duy trì và từng bước được ổn định, phát triển. Mỗi năm, Ban Chấp hành Công đoàn đều tổ chức giải cầu lông vào dịp kỷ niệm ngày truyền thống ngành Than, thành lập một đội bóng chuyền thường xuyên giao lưu cùng Đội tuyển bóng chuyền Mỏ than Na Dương. Đặc biệt năm 2003, chào mừng Quốc khánh 2/9, Công đoàn Nhà máy đã tổ chức giải cầu lông, bóng bàn cùng các nhà thầu tham gia xây dựng nhà máy (06 nhà thầu), huy động trên 20 tay vợt cầu lông và 12 tay vợt bóng bàn tham gia thi đấu. Từ những hoạt động này, năng lực tổ chức hoạt động phong trào của cán bộ công đoàn cơ sở đã từng bước được nâng cao.
Theo tiến độ xây dựng Dự án Nhà máy Nhiệt điện Na Dương, tháng 10/2003, Bộ Công nghiệp có quyết định thành lập Công ty Nhiệt điện Na Dương, với bộ phận quản lý của Công ty chủ yếu là đội ngũ cán bộ Ban quản lý Dự án. Đội ngũ công nhân vận hành là lực lượng công nhân đã được tuyển dụng, đào tạo từ giữa năm 2003, đầu năm 2004, số lượng đoàn viên công đoàn của Công ty đã lên đến hơn 200 người. Để phù hợp với điều kiện mới, tháng 12/2003, Công đoàn Than Việt Nam quyết định đổi tên Công đoàn Nhà máy Nhiệt điện Na Dương thành Công đoàn Công ty Nhiệt điện Na Dương.
Năm 2010, Tổng công ty Điện lực - TKV được thành lập là cơ quan quản lý các công ty nhiệt điện và một số dự án sản xuất điện thuộc Tập đoàn trước đây. Thời điểm này, Công đoàn Công ty Nhiệt điện Na Dương cùng một số công đoàn cơ sở khác được chuyển về trực thuộc Công đoàn Tổng công ty Điện lực - TKV.
Trải qua trên 10 năm hoạt động, Công đoàn cơ sở Công ty Nhiệt điện Na Dương đã từng bước trưởng thành trên mọi lĩnh vực, từ công tác phối hợp với chuyên môn trong triển khai thực hiện nhiệm vụ chung, đến việc thực hiện chức năng của tổ chức công đoàn, mọi việc đều đã đi vào nề nếp. Đội ngũ cán bộ công đoàn mặc dù làm kiêm nhiệm nhưng hàng năm, từng khóa đều được lãnh đạo Công ty, Công đoàn cấp trên tạo điều kiện để học tập, bồi huấn nghiệp vụ về công tác công đoàn. Các phong trào quần chúng dần có tính chuyên nghiệp, từ khâu xây dựng kế hoạch, tổ chức triển khai thực hiện cho đến tổng kết đánh giá rút kinh nghiệm, tất cả đều được thực hiện nghiêm túc, chuẩn mực.
Cùng với thành tích về hoạt động Công đoàn, tập thể cán bộ công nhân viên chức Công ty Nhiệt điện Na Dương cũng được các Bộ, ngành Trung ương, UBND tỉnh tặng nhiều hình thức khen thưởng. Đặc biệt năm 2008, Chủ tịch nước đã tặng Huân chương Lao động hạng Ba và nhân dịp kỷ niệm 10 năm thành lập, CBCNVC Công ty một lần nữa vinh dự được Chủ tịch nước tặng thưởng Huân chương Lao động hạng Nhì.
Trong 8 năm tiếp nhận vận hành nhà máy (2005-2012), Công đoàn Công ty liên tục được công nhận “Tổ chức Công đoàn vững mạnh tiêu biểu”, đã được Công đoàn Than - Khoáng sản Việt Nam, Liên đoàn Lao động tỉnh Lạng Sơn tặng nhiều Bằng khen cho tập thể, cá nhân và Cờ thi đua trên các lĩnh vực. Điển hình phải kể đến Cờ thi đua đơn vị dẫn đầu về phong trào Xanh - Sạch - Đẹp, đảm bảo An toàn- Vệ sinh lao động - Phòng chống cháy nổ (năm 2007, 2009); Cờ thi đua đơn vị dẫn đầu phong trào Công nhân viên chức và hoạt động công đoàn 5 năm 2005-2009; Cờ thi đua Đơn vị xuất sắc toàn diện phong trào thi đua năm 2010.Có được những thành tích đó chính là nhờ vào sự lao động sáng tạo, tinh thần đoàn kết, chung sức đồng lòng của tập thể CBCNVC toàn Công ty. Đó cũng là kết quả của một quá trình dài không ngừng phấn đấu, học tập nâng cao trình độ về mọi mặt, khắc phục khó khăn để hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ chính trị, xây dựng đội ngũ vững mạnh, từng bước trưởng thành, làm chủ công nghệ tiên tiến. Thành công này hẳn sẽ góp một phần tích cực vào sự nghiệp CNH, HĐH đất nước và xây dựng giai cấp công nhân Việt Nam thời kỳ đổi mới.
