Quỹ có chức năng tiếp nhận các nguồn vốn từ ngân sách nhà nước; các nguồn tài trợ, đóng góp, ủy thác của các tổ chức, cá nhân trong và ngoài nước nhằm hỗ trợ tài chính cho các hoạt động bảo vệ môi trường trên phạm vi toàn quốc.