Bắt đầu từ ngày 1/4/2014, VNACCS/VCIS đã được
chính thức vận hành theo Thông tư 22/2014/TT-BTC (quy định thủ tục hải quan điện tử trên hệ thống
VNACCS)tại một số chi cục hải quan phía Bắc, số đơn vị khác thì lần lượt triển khai tiếp ở thời
gian tới. Trước đó, từ ngày 15/11/2013 đến ngày 15/2/2014, cơ quan này tổ chức đợt chạy thử cho DN
làm thủ tục hải quan và các bên liên quan nhằm giúp cho DN và công chức hải quan thực hành sử dụng
thành thạo các quy trình, nghiệp vụ trên hệ thống này.
Cơ quan hải quan cho rằng, nếu hệ thống này vận hành tốt sẽ đem lại nhiều lợi ích cho DN. Cụ thể là tiện ích của hệ thống VNACCS/VCIS đến từ việc xử lý thông tin tập trung đối với cả 3 khâu trước, trong và sau thông quan. Hệ thống cũng cho phép kết nối giữa cơ quan hải quan với các DN, các bộ, ngành, ngân hàng, hãng vận tải, đại lý hải quan, công ty logistics, cảng, kho bãi… Ngoài ra, VNACCS/VCIS còn giúp cho DN và cơ quan hải quan theo dõi, quản lý tốt hơn đối với hàng hóa miễn thuế, hàng tạm nhập tái xuất, hàng hóa xuất nhập khẩu của DN ưu tiên thông qua việc khai báo, theo dõi danh mục hàng hóa miễn thuế, hàng hóa tạm nhập tái xuất, hàng hóa vận chuyển đi, vận chuyển đến…
Tuy nhiên theo Bà Đặng Phương Dung, Tổng Thư kí Hiệp hội Dệt May Việt Nam thì, hiện Vitas đã nhận được các ý kiến phản ánh của hội viên về những khó khăn, vướng mắc đang gặp phải trong quá trình làm thủ tục hải quan trong thời gian áp dụng hệ thống VNACCS/VCIS tại Hải quan Hải Phòng, Hà Nội, Bắc Ninh, Quảng Ninh, Đà Nẵng, Bình Dương, Đồng Nai... như: Các tiêu chí khai báo trên tờ khai; cơ sở hạ tầng của cơ quan hải quan, DN; xác nhận vào tờ khai hàng hóa XK; quản lí rủi ro đối với hàng XNK...
Tại buổi làm việc, ông Vũ Ngọc Anh, Phó Tổng Cục trưởng Tổng cục Hải quan đã giải đáp một số vướng mắc liên quan đến hoạt động của DN dệt may khi thực hiện VNACCS/VCIS như: Quy định về ân hạn thuế (275 ngày); quy định về khai báo trên VNACCS/VCIS... Các vướng mắc cụ thể sẽ được lãnh đạo Tổng cục Hải quan chỉ đạo các đơn vị chức năng sớm có câu trả lời cụ thể cho DN. Việc thực hiện VNACCCS/VCIS sẽ mang lại nhiều thuận lợi cho cộng đồng DN, những vướng mắc sẽ được Tổng cục Hải quan kịp thời tháo gỡ.