Theo đánh giá của Thứ trưởng Bộ Công Thương Trần Tuấn Anh, hệ thống Logistics Việt Nam liên quan đến các nhóm vấn đề khó, như: Cơ sở hạ tầng, thể chế và pháp lý, nhà cung cấp dịch vụ và người sử dụng dịch vụ.
Về cơ sở hạ tầng, mặc dù trong những năm qua Việt Nam đã dành phần lớn ngân sách và vốn vay ODA để đầu tư hạ tầng giao thông và hệ thống cảng biển với quy mô lớn, trang thiết bị xếp dỡ hiện đại, nhưng một trong những khó khăn lớn nhất của của các khu vực cảng là cơ sở hạ tầng kết nối với vùng tập trung hàng hóa còn yếu.
Về thể chế và khung pháp lý của Logistics rất phức tạp và còn thiếu sự phối hợp chặt chẽ giữa các cơ quan liên quan. Thủ tục hành chính chậm trễ, sự chồng chéo giữa các cơ quan quản lý cũng như văn bản pháp luật ảnh hưởng tới hiệu quả của hoạt động Logistics.
Về nhà cung cấp dịch vụ, hầu hết thị trường này đang nằm trong tay các công ty nước ngoài còn các nhà cung cấp Việt Nam rất khiêm tốn và ít ỏi. Và tình trạng chung của các nhà cung cấp dịch vụ Logistics Việt Nam là cạnh tranh về giá, hoạt động manh mún,chụp giật lẫn nhau, làm thuê cho các bên thứ 3(3PL – Third party logistics), 4PL nước ngoài ngay tại sân nhà…
Trong khi đó, người sử dụng dịch vụ - các công ty thương mại Việt Nam chưa đánh giá hết được tầm quan trọng của việc quản trị Logistics và dây chuyên cung ứng cũng như những lợi ích tiềm năng đi kèm. Ngoài ra, hệ thống Logistics trên thế giới đang vận động theo xu hướng ứng dụng công nghệ thông tin và thương mại điện tử trong quá trình cung câp dịch vụ cho khách hàng, tuy nhiên các nhà cung cấp và doanh nghiệp Việt Nam còn rất yếu mảng này…
Theo ông Bùi Thiên Thu - Phó Cục trưởng Cục Hàng Hải Việt Nam: Mạng lưới giao thông vận tải hiện còn yếu và thiếu, nguồn vốn đầu tư cho kết cấu hạ tầng còn thiếu và đầu tư dàn trải, tiến trình thực hiện chưa đồng bộ với phát triển cảng biển, chưa phát triển và kết nối đồng bộ các phương thức vận tải để hình thành vận tải đa phương thức. Hạ tầng kỹ thuật sau cảng, nhiều nơi chưa đồng bộ với quy mô và thời điểm đưa cảng vào vận hành khai thác. Về cảng biển, hầu hết các cảng có năng suất xếp dỡ thấp; việc hình thành cảng chuyên dụng đan xen cảng tổng hợp, container vừa gây lãng phí tài nguyên đường bờ, vừa gây khó khăn trong quản lý khai thác; dịch vụ của các cảng chưa đáp ứng được yêu cầu, thời gian thông quan lâu. Công nghệ và thiết bị khai thác lạc hậu, lượng hàng thông qua thấp, tổ chức khai thác thiếu chuyên nghiệp nên gây nhiều khó khăn cho việc quản lý chuyên ngành và gây mất an toàn giao thông. Hệ thống trung tâm phân phối, ICD, kho bãi đang còn yếu kém, thiếu đồng bộ và bố trí rời rạc; chưa đảm nhận được vai trò trung tâm tiếp nhận phân phối hàng hóa; quy mô còn nhỏ chưa đáp ứng được các hoạt động của chuỗi dịc vụ logistics…
Ông Đỗ Xuân Quang – Chủ tịch Hiệp hội Doanh nghiệp Dịch vụ Logistics Việt Nam (VLA) cho rằng, trừ các doanh nghiệp nhà nước được cổ phần hóa thì đa số các doanh còn lại của Việt Nam có quy mô nhỏ và vừa, vốn ít và nguồn nhân lực được đào tạo bài bản chuyên ngành logistics thấp (5 – 7%). Các doanh nghiệp cung cấp dịch vụ logistics Việt Nam chủ yếu làm đại lý hoặc đảm nhận từng công đoạn như là nhà thầu phụ trong dây chuyền logistics cho các nhà cung cấp quốc tế. Hiện đang có trên 25 doanh nghiệp logistics đa quốc gia đang hoạt động tại Việt Nam nhưng chiếm trên 70–80% thị phần dịch vụ này tại nước ta. GS. Đào Nguyên Cát – Tổng Biên tập Thời báo Kinh tế Việt Nam thì khẳng định, xuất phát từ việc thiếu thốn về hạ tầng và năng lực vận tải còn non yếu, bên cạnh đó khung pháp lý cho hoạt động Logistics chưa hoàn chỉnh, thiếu sự liên kết trong hoạt động kinh doanh của các doanh nghiệp trong ngành... dẫn đến chi phí logistics trên GDP của Việt Nam tăng cao. Điển hình mới nhất của nút thắt này là cách đây vài ngày, tàu Zeusi chở 24.000 tấn muối của Công ty Cổ phần tập đoàn muối Việt Nam phải nằm chờ lo giấy kiểm định tại cảng Sài Gòn đã khiến doanh nghiệp này mất thêm nhiều thời gian và chi phí lên đến hàng tỷ đồng!...