Đầu năm 2012, Mỏ than Cọc Sáu-Vinacomin đã ứng dụng công nghệ hóa sinh là dùng hoá học có tính chất kèm vôi xút để trung hòa axit, nâng cao độ PH, đồng thời tạo môi trường oxy hóa các kim loại nặng như Mn, Fe, TSS để xây dựng Trạm xử lý nước thải. Việc xây dựng Trạm xử lý nước thải mỏ than Cọc Sáu nhằm xử lý lượng bơm thoát từ mỏ đảm bảo tiêu chuẩn trước khi thải ra môi trường, phục hồi cảnh quan trong khu vực, chống biến đổi khí hậu.
Với diện tích trạm là 45.685m2, công suất nhà máy lên tới 2.400m3/h đạt tiêu chuẩn loại B của xử lý nước công nghiệp. Nước thải lò từ +28 theo lượng thoát nước chảy vào bể điều lượng, tại bể điều lượng các chất thải rắn có hạt lớn lắng đọng và nạo vét thủ công chuyển đổ đi tại bãi thải mỏ.
Từ bể điều lượng nước thải được bơm nâng cao lên bể trung hòa, tại đây vôi bột được đưa vào silo chứa bằng vít xoắc và hòa trộn với nước thải bằng máy khuấy để trung hòa H2SO4 có nước thải nâng độ PH đạt tiêu chuẩn. Tiếp tục từ bể trung hòa nước thải chảy sang bể lắng sơ bộ liền kề sau đó theo đường ống tự chảy về bể keo tụ. Tại đây dung dịch keo tụ PAC, PAM được bơm vào và hòa trộn với nước thải bằng máy khuấy sau đó chảy về bể lắng tấm nghiêng liền kề. Tiếp tục các quá trình khép kín nước được phân phối đều qua hệ thống ống lắp trên mặt bể và thấm qua lớp cát lọc phi oxit mangan có tác dụng kết tủa và giữ lại trong cát lọc.
