Một thực tế không thể phủ nhận về mặt lợi ích mà thuốc bảo vệ thực vật (BVTV) mang lại là tiêu diệt các loài dịch hại trên các loài rau quả trồng ngoài đồng ruộng (sâu, bệnh, cỏ dại…) và trong quá trình vận chuyển, bảo quản nhằm tránh nấm mốc và vi khuẩn gây thối hỏng. Vì vậy, thuốc BVTV đã góp phần bảo vệ cây rau và các sản phẩm rau quả. Tuy nhiên, do vấn đề lạm dụng và sử dụng tràn lan thuốc BVTV ngoài đồng ruộng và ngâm ủ rau quả không tuân thủ đúng qui định và qui trình kỹ thuật đã để lại dư lượng của nhiều loại độc tố nguy hiểm lưu tồn trong các loại rau quả. Đây chính là một nguy cơ thường trực, gây nguy hiểm tới sức khoẻ người tiêu dùng về trước mắt cũng như lâu dài.

Giá đỗ được xử lý bằng hóa chất khi ngâm ủ sẽ có thân trắng mập và không có rễ sẽ tồn dư nhiều độc tố.Khi người nông dân phun thuốc BVTV trên đồng ruộng để trừ các loài sâu bệnh hại thì theo thời gian và do tác động của các yếu tố môi trường như nhiệt độ, ánh sáng, nước mưa và sự phân giải của các vi sinh vật thì đa số các loại thuốc BVTV bị phân huỷ thành các chất ít độc hại đối với môi trường và các sản phẩm rau quả (nếu tuân thủ đúng kỹ thuật và thời gian cách ly). Nhưng hiện nay, nhiều loại thuốc BVTV có độ độc cao, tồn lưu bền vững trong môi trường và sản phẩm rau quả đã bị cấm sử dụng, các loại thuốc BVTV nhập lậu từ Trung Quốc vẫn tràn lan trên thị trường mà các cơ quan chức năng không thể kiểm soát nổi vẫn được người nông dân sử dụng hàng ngày để phun trừ sâu, bệnh trên các loại rau quả, thậm trí không đảm bảo thời gian cách ly. Ngoài ra, do lợi nhuận nhiều người đã dùng các loại hoá chất BVTV độc hại không rõ nguồn gốc để ngâm ủ rau quả nhằm bảo quản được lâu không bị thối hỏng, tiêm thuốc kích thích cho quả mau chín, dùng hoá chất BVTV để ngâm ủ tạo cho giá đỗ có thân trắng, mập và không có rễ… đã để lại dư lượng thuốc BVTV khá lớn, cao gấp hàng chục lần qui định cho phép của Bộ Y tế trong các loại rau quả tiêu dùng hàng ngày.

Ngoài tác động làm giảm chất lượng rau quả, gây mất an toàn vệ sinh thực phẩm, khi sử dụng tràn lan thuốc BVTV trên cây rau còn gây ô nhiễm nguồn đất canh tác, ô nhiễm nguồn nước ngầm và môi trường không khí. Bên cạnh đó, các loại thuốc BVTV dù có tốc độ phân huỷ nhanh và độ chọn lọc cao vẫn ít nhiều làm cho các loài thiên địch có ích trên đồng ruộng bị tiêu diệt. Vì vậy, khi sử dụng tràn lan thuốc BVTV đã làm đảo lộn hệ sinh thái canh tác, làm cho mức độ gây hại của các loài sâu bệnh trên rau quả những năm sau ngày càng trầm trọng hơn. Theo các nghiên cứu trong và ngoài nước, cho tới thời điểm hiện nay chưa có một loại hoá chất BVTV nào có độ an toàn tuyệt đối đối với các loài thiên địch có ích và các sản phẩm nông nghiệp, trong đó có các loài rau quả (kể cả thuốc BVTV có nguồn gốc vi sinh).

Từ đó, để hạn chế tác hại của thuốc BVTV đối với sức khoẻ con người, góp phần nâng cao chất lượng vệ sinh an toàn thực phẩm trên các loại rau quả phục vụ cho tiêu dùng trong nước và xuất khẩu, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đã ban hành Danh mục các loại thuốc BVTV được phép sử dụng, các loại thuốc BVTV cấm sử dụng trên các loại rau quả của Việt Nam. Các loại thuốc được phép sử dụng trên rau quả có độ độc thấp và nhanh phân huỷ, ít độc hại tới môi trường và sức khoẻ con người (ít chứ không phải không độc hại). Ngoài ra, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn cũng khuyến khích các tổ chức và cá nhân, tổ chức sản xuất rau quả an toàn theo tiêu chuẩn VietGap - thực hành nông nghiệp an toàn. Khuyến cáo đối với người trồng rau chỉ nên sử dụng các loại thuốc vi sinh, thuốc thảo mộc, các loại thuốc nhanh phân huỷ khi phun trừ các loại sâu bệnh hại trên rau quả.