Quy chế này áp dụng tại các cửa khẩu quốc tế và cửa khẩu chính (hay cửa khẩu quốc gia hoặc cửa khẩu song phương) trên biên giới đất liền,
Nguyên tắc quản lý hoạt động tại cửa khẩu: Đảm bảo các hoạt động tại cửa khẩu được thực hiện thống nhất, đồng bộ, phối hợp chặt chẽ, có trật tự, có nề nếp, tạo điều kiện thuận lợi, thúc đẩy các hoạt động xuất nhập khẩu hàng hóa, xuất nhập cảnh người, phương tiện giao thông vận tải qua các cửa khẩu theo hướng đơn giản hóa thủ tục hành chính; Khuyến khích mọi thành phần kinh tế đầu tư và phát triển các dịch vụ hỗ trợ thương mại tại các khu vực cửa khẩu biên giới đất liền; phù hợp với hoạt động đối ngoại và hội nhập kinh tế của đất nước, xây dựng các cửa khẩu trở thành cầu nối giao lưu, hợp tác, hòa bình và phát triển; góp phần phát triển kinh tế - xã hội kết hợp với đảm bảo an ninh, quốc phòng, ổn định và trật tự an toàn xã hội khu vực biên giới đất liền.
Các hoạt động tại cửa khẩu gồm: Hoạt động quản lý chuyên ngành của các lực lượng chức năng, bao gồm Bộ đội biên phòng, Hải quan và các lực lượng chức năng khác tại cửa khẩu; Hoạt động xuất nhập khẩu và xuất nhập cảnh của các cơ quan, tổ chức, cá nhân; hoạt động dịch vụ hỗ trợ thương mại tại cửa khẩu; hoạt động phối hợp với chính quyền địa phương và cơ quan quản lý cửa khẩu của nước có chung biên giới.
Kinh phí hoạt động: Kinh phí dành cho việc điều hành hoạt động tại cửa khẩu theo quy định tại Quy chế này được cấp từ Ngân sách Nhà nước thông qua Ủy ban nhân dân tỉnh và nguồn hợp pháp khác theo quy định của pháp luật.
Trách nhiệm của Bộ Công Thương: Chủ trì, phối hợp với các bộ, ngành và Ủy ban nhân dân tỉnh có liên quan hướng dẫn thực hiện Quy chế này; điều phối hoạt động của Ban Chỉ đạo thương mại biên giới Trung ương theo dõi, kiểm tra, đôn đốc việc thực hiện Quy chế này; tổng hợp, kiến nghị các vấn đề phát sinh trong quá trình thực hiện, báo cáo Thủ tướng Chính phủ xem xét, quyết định việc sửa đổi, bổ sung Quy chế này trong trường hợp cần thiết.