Mức thu phí bảo vệ môi trường đối với dầu thô là 100.000 đồng/tấn; đối với khí than, khí thiên nhiên là 50 đồng/m3, riêng khí thiên nhiên thu được trong quá trình khai thác dầu thô (khí đồng hành) là 35 đồng/m3. Đối với khai thác khoáng sản, mức phí thu với các loại quặng khoáng sản kim loại được quy định từ 20.000 đồng/tấn - 270.000 đồng/tấn; khoáng sản không kim loại, mức phí thấp nhất là 500 đồng/tấn - 3.000 đồng/tấn (áp dụng cho đá làm vật liệu xây dựng thông thường); cao nhất là 60.000 đồng/m3 - 90.000 đồng/m3 (đá Block). Bên cạnh đó, đá ốp lát, làm mỹ nghệ hay các loại quặng đá quý chịu mức phí 50.000 đồng/tấn (m3) - 70.000 đồng/tấn (m3). 

Đây được coi là một trong những chính sách nhằm góp phần tăng cường các biện pháp bảo vệ môi trường và giảm thiểu tình trạng ô nhiễm môi trường tại Việt Nam. Nghị định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/01/2012, thay thế cho Nghị định số 63/2008/NĐ-CP và Nghị định số 82/2009/NĐ-CP của Chính phủ.