Các công nghệ được chuyển giao chủ yếu là công nghệ sản xuất đồ uống, chế biến các sản phẩm từ bột, chế biến nông sản, sản xuất thực phẩm chức năng, gia vị, công nghệ bảo quản và chế biến sữa, công nghệ xử lý môi trường. Viện đã tập trung sản xuất một số sản phẩm tại Viện, như: Enzyme fibrenaza từ chủng vi khuẩn Bacillus subtilis var. Natto, các loại hương liệu, nấm men thủy phân… Phân viện Công nghiệp thực phẩm tại TP. Hồ Chí Minh đã sản xuất sản phẩm Chao cung cấp cho thị trường TP. Hồ Chí Minh liên tục từ năm 2006 đến nay, được người tiêu dùng ưa chuộng, doanh thu năm sau luôn cao hơn năm trước.