Trong hướng dẫn số 2035/TLĐ ngày 09/12/2002 của Tổng Liên đoàn, tại mục 8.3 có nêu "Ban chấp hành công đoàn có nhiệm vụ cử cổ đông là cán bộ công đoàn có đủ điều kiện theo quy định của Luật Doanh nghiệp và điều lệ công ty tham gia Hội đồng quản trị và ban kiểm soát....". Thực tế cho thấy, nếu vì lý do nào đó, cán bộ công đoàn không mua đủ mức cổ phần theo quy định của Điều lệ để tham gia vào 1 trong 2 vị trí trên thì sẽ rất khó khăn trong việc nắm bắt, tham gia và triển khai công tác công đoàn của tổ chức mình. Vì vậy, cần có cơ chế như thế nào đó cho cán bộ công đoàn có thể tham gia đầy đủ, sát sao các hoạt động trong công ty mình. Có như vậy quyền lợi của cán bộ công đoàn mới được đảm bảo. Theo ông Nguyễn Trí Dũng, Bí thư Đảng uỷ Công ty Gang Thép Thái nguyên thì quá trình CPH là thực hiện dân chủ, trên cơ sở người lao động được sở hữu cổ phần. Nhưng thực tế thì khi mức cổ phần khác nhau thì cấp độ dân chủ cũng khác nhau. Vì vậy, công đoàn ở các công ty cổ phần rất cần một quy chế hoạt động linh hoạt, tuỳ thuộc vào tình hình cụ thể của từng doanh nghiệp.
Thêm vào đó, trong các văn bản hướng dẫn chỉ yêu cầu công ty cổ phần tổ chức Đại hội cổ đông thường niên và Đại hội cổ đông bất thường, mà không quy định vấn đề tổ chức Đại hội CNVC lao động, kể cả khi DNNN chuyển thành công ty cổ phần mà Nhà nước giữ 51% cổ phần. Việc này sẽ làm hạn chế vai trò, chức năng và quyền hạn của tổ chức công đoàn, liên quan trực tiếp đến quyền lợi, nghĩa vụ của người lao động, gây khó khăn cho CNVC nắm bắt kế hoạch sản xuất - kinh doanh, mục tiêu, biện pháp của công ty. Từ đó làm giảm hiệu quả của các phong trào thi đua trong lao động sản xuất. Thông thường, người sử dụng lao động ký thoả ước lao động tập thể với người lao động, nhưng ở công ty cổ phần, người sử dụng lại là người đi thuê, vì thế gần như không có quyền quyết định. Quyền này hoàn toàn phụ thuộc vào Hội đồng quản trị công ty. Vì vậy nhất thiết phải tổ chức Đại hội CNVC để đảm bảo quyền lợi cho người lao động.
Cũng có rất nhiều công đoàn công ty cổ phần quan tâm đến mối quan hệ giữa Hội đồng quản trị và công đoàn cơ sở. Trong công ty cổ phần, Hội đồng quản trị do Đại hội cổ đông bầu ra với nhiệm kỳ hoạt động là 3 năm. Tổng giám đốc công ty là người được Hội đồng quản trị bổ nhiệm hoặc thuê để điều hành sản xuất, kinh doanh. Về nguyên tắc, Tổng giám đốc thực hiện nhiệm vụ do Hội đồng quản trị giao, nhưng để giải quyết công việc hàng ngày thì Tổng giám đốc lại là người đại diện pháp lý của công ty. Mối quan hệ hàng ngày giữa Tổng giám đốc và Ban chấp hành công đoàn công ty cũng là vấn đề cần được nghiên cứu hoàn thiện. Tuy nhiên, để giải quyết được các chính sách trong nội bộ công ty thì nhất thiết Tổng giám đốc phải được Hội đồng quản trị nhất trí bằng một nghị quyết cụ thể và không mâu thuẫn với điều lệ hoạt động của công ty. Đây là điều phức tạp và gây khó khăn đối với các doanh nghiệp cũng như người lao động.
Để giải đáp những thắc mắc này, có rất nhiều kiến nghị đã được đưa ra. Một số ý kiến cho rằng nên chuyển tổ chức công đoàn ở các công ty cổ phần về trực thuộc Liên đoàn lao động địa phương hay Tổng Liên đoàn lao động. Tuy nhiên, cũng có không ít công ty đồng ý với phương án để các tổ chức công đoàn hoạt động theo ngành nghề nhằm hỗ trợ cho chuyên môn, chỉ đạo sản xuất, bảo vệ người lao động. Tuy nhiên, tất cả đều nhất trí rằng, Nhà nước cần sớm ban hành một quy định chung ở các công ty cổ phần, để hoạt động công đoàn trong công ty cổ phần không còn phải "dò dẫm" như hiện nay./.