Nghị định 165 sẽ giải quyết các vấn đề bất cập sau: Quy định cụ thể và phù hợp với thực tiễn các nội dung liên quan đến chứng từ điện tử nhằm khẳng định giá trị pháp lý và đảm bảo khả năng ứng dụng của chứng từ điện tử. Quy định các tình huống chấp nhận chứng từ điện tử là bản gốc phù hợp thực tiễn hiện nay của giao dịch điện tử.
Nghị định 165 đề cập trực tiếp đến việc sử dụng chữ ký số và các biện pháp kỹ thuật cụ thể tương đương chữ ký điện tử, tạo căn cứ pháp lý vững chắc, thuận lợi cho việc mở rộng triển khai giao dịch điện tử; đồng thời vẫn có quy định mở để đáp ứng các công nghệ mới trong tương lai. Bên cạnh đó, Nghị định 165 cũng giải quyết vấn đề sử dụng chữ ký số, chữ ký điện tử của cơ quan, tổ chức (bao gồm cả ký số tự động) thay cho chỉ đề cập chữ ký số, chữ ký điện tử của cá nhân. Quy định này nhằm giải phóng phương thức áp dụng giao dịch điện tử, không bắt buộc phải mô phỏng hình thức chữ ký, con dấu như trong giao dịch giấy tờ truyền thống, khai thác tối đa tính hiệu quả của giao dịch điện tử.
Quy định đầy đủ, cụ thể và phù hợp với thực tế (bao gồm điều chỉnh các quy định hiện hành và bổ sung quy định mới) về các vấn đề liên quan đến chứng từ điện tử: chuyển chứng từ giấy sang chứng từ điện tử và ngược lại; sửa đổi chứng từ điện tử; lưu trữ chứng từ điện tử; hủy hiệc lực và tiêu hủy chứng từ điện tử; niêm phong chứng từ điện tử. Đồng thời xóa bỏ các quy định không có tính thực tế như tạm giữ, tịch thu chứng từ điện tử.
Quy định rõ các cách thức xác minh thông tin về giao dịch điện tử trong hoạt động tài chính bằng phương thức điện tử; đồng thời quy định cơ quan kiểm tra, thanh tra, điều tra và cơ quan giải quyết thủ tục hành chính chỉ được yêu cầu cơ quan, tổ chức, cá nhân xuất trình chứng từ giấy được chuyển đổi từ chứng từ điện tử trong trường hợp không thực hiện được việc xác minh thông tin theo phương thức điện tử. Quy định này nhằm giải quyết bất cập hiện nay về sự thiếu đồng bộ trong việc triển khai, áp dụng giao dịch điện tử thiếu giữa các cơ quan nhà nước, gây phiền hà cho người dân, doanh nghiệp.
Quy định về hệ thống thông tin; quy định về bảo đảm an toàn giao dịch điện tử trong hoạt động tài chính trên cơ sở các quy định hiện hành về an toàn thông tin mạng.
Quy định về dịch vụ trung gian phục vụ giao dịch điện tử trong hoạt động tài chính căn cứ quy định về “Người trung gian” trong Luật Giao dịch điện tử và các dịch vụ liên quan thuộc Danh mục ngành nghề đầu tư, kinh doanh có điều kiện ban hành kèm theo Luật Đầu tư năm 2014 (thay thế quy định về dịch vụ giá trị gia tăng về giao dịch điện tử trong hoạt động tài chính trong Nghị định 27).
Quy định về trách nhiệm của tất cả các bên liên quan tới giao dịch điện tử trong hoạt động tài chính, trong đó bao gồm trách nhiệm công nhận và sử dụng chứng từ điện tử theo giá trị pháp lý của chứng từ điện tử.
Ngoài ra, để đảm bảo không làm ngắt quãng các giao dịch điện tử đã được triển khai, Nghị định 165 quy định một số nội dung chuyển tiếp liên quan đến dịch vụ người trung gian và việc sử dụng chữ ký số của các cơ quan sử dụng ngân sách để giao dịch với cơ quan tài chính
