Trong 10 năm, từ 1996-2007, hệ thống tổ chức và quản lý ngành Công Thương có nhiều thay đổi, từ 2 bộ Công nghiệp và Thương mại sáp nhập thành Bộ Công Thương; cấp cục cũng được điều chuyển sang bộ ngành khác hoặc thành lập mới. Cụ thể:
- Năm 1996, thành lập Cục Địa chất và Khoáng sản Việt Nam trực thuộc Bộ Công nghiệp trên cơ sở hợp nhất Cục Địa chất Việt Nam và Cục Quản lý Tài nguyên khoáng sản Nhà nước.
- Tháng 9/1997, Quốc hội Khóa X, Kỳ họp thứ Nhất đã bầu và phê chuẩn nhân sự Chính phủ nhiệm kỳ 1997 - 2002. Lúc này, quản lý ngành Công Thương có 2 Bộ:
- Bộ Công nghiệp, Bộ trưởng Đặng Vũ Chư.
- Bộ Thương mại, Bộ trưởng Trương Đình Tuyển.
So với năm 1995, cơ cấu tổ chức bộ máy quản lý ngành Công Thương giai đoạn này vẫn giữ nguyên. Nhưng quá trình hoạt động có những biến động về tổ chức và nhân sự:
- Tháng 01/2000, Bộ Chính trị quyết định điều động Bộ trưởng Bộ Thương mại Trương Đình Tuyển làm Bí thư Tỉnh ủy Nghệ An. Ông Vũ Khoan được phê chuẩn bổ nhiệm làm Bộ trưởng Bộ Thương mại.
- Tháng 7/2000, thành lập Cục Xúc tiến Thương mại, thuộc Bộ Thương mại.
- Tháng 8/2002, Bí thư Tỉnh ủy Nghệ An Trương Đình Tuyển được bổ nhiệm làm Bộ trưởng Bộ Thương mại, thay cho ông Vũ Khoan được bổ nhiệm làm Phó Thủ tướng.
- Tháng 8/2002, Bộ trưởng Bộ Công nghiệp Đặng Vũ Chư nghỉ hưu, ông Hoàng Trung Hải được phê chuẩn bổ nhiệm là Bộ trưởng Bộ Công nghiệp.
- Ngày 05/8/2002, Quốc hội Khóa XI, Kỳ họp thứ nhất thông qua Nghị quyết số 02/2002/QH11 thành lập Bộ Tài nguyên và Môi trường, trên cơ sở sắp xếp lại các tổ chức quản lý Nhà nước có liên quan. Trong đó, chuyển toàn bộ công tác điều tra, thăm dò, quản lý tài nguyên khoáng sản từ Cục Địa chất và Khoáng sản Việt Nam thuộc Bộ Công nghiệp sang Bộ Tài nguyên và Môi trường.
- Năm 2003, Ban Quản lý cạnh tranh được thành lập trực thuộc Bộ Thương mại
- Năm 2004, Thành lập Cục Quản lý cạnh tranh trực thuộc Bộ Thương mại, trên nền tảng của Ban Quản lý cạnh tranh.
- Ngày 31/7/2007, Nghị quyết số 01/2007/NQ-QH12 của Kỳ họp thứ Nhất, Quốc hội khóa XII đã quyết nghị hợp nhất Bộ Công nghiệp và Bộ Thương mại thành Bộ Công Thương, Bộ trưởng: Vũ Huy Hoàng.
- Ngày 27/12/2007, Chính phủ ban hành Nghị định 189/2007/ NĐ-CP Quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Công Thương.
Theo đó, Bộ Công Thương là cơ quan của Chính phủ, thực hiện chức năng quản lý nhà nước về công nghiệp và thương mại, bao gồm các ngành và lĩnh vực: cơ khí, luyện kim, điện, năng lượng mới, năng lượng tái tạo, dầu khí, hóa chất, vật liệu nổ công nghiệp, công nghiệp khai thác mỏ và chế biến khoáng sản, công nghiệp tiêu dùng, công nghiệp thực phẩm và công nghiệp chế biến khác, lưu thông hàng hóa trong nước;
Xuất nhập khẩu, quản lý thị trường, xúc tiến thương mại, thương mại điện tử, dịch vụ thương mại, hội nhập kinh tế - thương mại quốc tế, quản lý cạnh tranh, kiểm soát độc quyền, áp dụng các biện pháp tự vệ, chống bán phá giá, chống trợ cấp, bảo vệ quyền lợi người tiêu dùng; quản lý nhà nước các dịch vụ công trong các ngành, lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý nhà nước của Bộ.
Trong đó, Cục Thương mại điện tử và Công nghệ thông tin được thành lập trên nền tảng của Vụ Thương mại điện tử.
