Tại Hội nghị, các đại biểu đã có nhiều ý kiến đề cập đến những khó khăn, vướng mắc trong quá trình triển khai thực hiện Quy chế, đặc biệt là về kinh phí, biên chế, vấn đề chuyển đổi các CCN đã được thành lập trước khi Quy chế có hiệu lực, trong đó chủ yếu là việc xử lý các CCN có quy mô diện tích lớn hơn 75 ha… Lắng nghe những thắc mắc, kiến nghị của các đại biểu, Bộ Công Thương - Cục Công nghiệp địa phương đã trao đổi, giải thích, hướng dẫn cụ thể các vấn đề đã nêu trong phạm vi thẩm quyền của Bộ, để quán triệt công tác tổ chức, thống nhất triển khai thực hiện các nội dung cơ bản của Quy chế quản lý CCN trên cả nước; đồng thời, yêu cầu Sở Công Thương các tỉnh cần tích cực hơn nữa trong việc rà soát, điều chỉnh quy hoạch phát triển CCN; xử lý, chuyển đổi các CCN đã được thành lập cho phù hợp.
Sau gần nửa năm triển khai, mặc dù còn gặp nhiều khó khăn và vướng mắc, nhất là đối với các tỉnh có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn, nhưng Quy chế quản lý CNN vẫn được áp dụng triển khai thực hiện ngày càng hiệu quả, qui hoạch CCN từng bước đi vào ổn định.