Theo đó, chủ thể đăng ký kiểm dịch thực vật phải nộp trực tiếp 01 bộ hồ sơ đăng ký kiểm dịch thực vật nhập khẩu tại cơ quan kiểm dịch thực vật. Trình tự hoạt động kiểm tra sẽ được tiến hành đánh giá từ bên ngoài lô vật thể, bao bì đóng gói, phương tiện chuyên chở; khe, kẽ và những nơi sinh vật gây hại có thể ẩn nấp; thu thập côn trùng bay, bò hoặc bám bên ngoài lô vật thể. Sau đó, việc kiểm tra sẽ đánh giá chi tiết bên trong và lấy mẫu lô hàng theo quy định tại QCVN 01-141:2013/BNNPTNT Quy chuẩn kỹ thuật quốc gia về phương pháp lấy mẫu kiểm dịch thực vật; thu thập các vật thể mang triệu chứng gây hại và sinh vật gây hại; phân tích giám định mẫu vật thể, sinh vật gây hại đã thu thập được.
Trong vòng 24 giờ kể từ khi bắt đầu kiểm dịch đối với lô vật thể không bị nhiễm đối tượng kiểm dịch thực vật hoặc đối tượng phải kiểm soát của Việt Nam hoặc sinh vật gây hại lạ, Cơ quan kiểm dịch thực vật cấp Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật nhập khẩu, quá cảnh và vận chuyển nội địa. Trường hợp phát hiện lô vật thể bị nhiễm đối tượng kiểm dịch thực vật, đối tượng phải kiểm soát của Việt Nam hoặc sinh vật gây hại lạ, cơ quan kiểm dịch thực vật quyết định áp dụng các biện pháp xử lý kiểm dịch thực vật phù hợp theo quy định.
Thông tư cũng nêu rõ, đối với trường hợp lô vật thể được vận chuyển bằng tàu biển có chiều cao khoang chứa hàng từ 3 m trở lên, phải chia thành nhiều lớp để kiểm tra thì sau khi kiểm tra mỗi lớp, căn cứ vào kết quả kiểm tra, cơ quan kiểm dịch thực vật cấp Giấy tạm cấp kết quả kiểm dịch thực vật cho khối lượng vật thể đã kiểm tra. Sau khi có Giấy tạm cấp kết quả, lô hàng được phép vận chuyển về kho bảo quản và chỉ được đưa ra sản xuất, kinh doanh sau khi được cấp Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật nhập khẩu, quá cảnh và vận chuyển nội địa. Căn cứ kết quả kiểm tra toàn bộ lô vật thể, cơ quan kiểm dịch thực vật cấp Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật nhập khẩu, quá cảnh và vận chuyển nội địa cho lô vật thể.
Thông tư này có hiệu lực kể từ ngày 01 tháng 01 năm 2015 và thay thế Thông tư số 65/2012/TT-BNNPTNT ngày 26/12/2012 của Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và phát triển nông thôn quy định về trình tự, thủ tục cấp giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật; Bãi bỏ mẫu giấy 3, 7, 8, 9, 10, 11 tại phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư 14/2012/TT-BNNPTNT ngày 27/03/2012 của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn hướng dẫn hồ sơ nghiệp vụ kiểm dịch thực vật.
Chi tiết Thông tư 33/2014/TT-BNNPTNT quy định trình tự, thủ tục kiểm dịch thực vật nhập, xuất khẩu, quá cảnh và sau nhập khẩu vật thể thuộc diện kiểm dịch thực vật xem tại đây.