Thực hiện đường lối đổi mới, cải cách, mở cửa theo Nghị quyết Đại hội lần thứ VI của Đảng (1986), nền kinh tế tuy được cải thiện, song đất nước chưa thoát khỏi khủng hoảng kinh tế với nhiều khó khăn gay gắt. Tuy vậy, trong nước nhiều thành phần kinh tế phát triển, tham gia thị trường, kinh tế đối ngoại được mở rộng quan hệ buôn bán với nhiều nước trên thế giới, mở các cửa khẩu biên giới và cho phép cư dân biên giới buôn bán trao đổi hàng hóa. Nền kinh tế bắt đầu khởi sắc, sản xuất phát triển, lưu thông hàng hóa được mở rộng, đời sống nhân dân được cải thiện. Bên cạnh đó tình trạng buôn lậu qua biên giới, trốn lậu thuế và đặc biệt là buôn lậu đường biển qua các tàu viễn dương diễn biến phức tạp.
Trước tình hình đó, tháng 8/1990 Chủ tịch Hội đồng Bộ trưởng ra Quyết định thành lập Ban Công tác đặc nhiệm chống buôn lậu và quản lý thị trường ở các tỉnh phía Nam và Ban Công tác đặc nhiệm chống buôn lậu ở các tỉnh phía Bắc, thực hiện nhiệm vụ đặc biệt do yêu cầu công tác đấu tranh chống buôn lậu, hàng giả và gian lận thương mại đặt ra. Ban Công tác đặc nhiệm chống buôn lậu đặt dưới sự chỉ đạo trực tiếp của Chủ tịch Hội đồng Bộ trưởng, không thay thế Ban chỉ đạo Quản lý thị trường Trung ương và không làm nhiệm vụ tổ chức thực hiện các chủ trương, biện pháp đấu tranh chống buôn lậu của các ngành, các cấp. Các Ban công tác đặc nhiệm này được tổ chức các Đội công tác đặc nhiệm liên ngành, hoạt động theo từng thời gian và trên một số địa bàn trọng điểm nhằm kiểm tra, kiểm soát, phát hiện, ngăn chặn kịp thời các vụ buôn lậu.
Đến năm 1991, để thống nhất chỉ đạo công tác quản lý thị trường, chống đầu cơ buôn lậu, sản xuất, buôn bán hàng giả và các hành vi kinh doanh trái phép khác, ngày 06/12/1991 Hội đồng Bộ trưởng ra Nghị định số 398/HĐBT hợp nhất 03 (ba) Ban gồm: Ban Chỉ đạo Quản lý thị trường Trung ương, Ban công tác đặc nhiệm phía Bắc và Ban công tác đặc nhiệm phía Nam thành Ban Chỉ đạo Quản lý thị trường Trung ương với nhiệm vụ giúp Chủ tịch Hội đồng Bộ trưởng thống nhất chỉ đạo công tác quản lý thị trường, chống đầu cơ buôn lậu, sản xuất và buôn bán hàng giả và các hành vi kinh doanh trái pháp luật khác. Tại các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương thành lập Ban chỉ đạo Quản lý thị trường tỉnh, thành phố dưới sự chỉ đạo trực tiếp của Chủ tịch UBND tỉnh, thành phố.
Trong quá trình đổi mới, nền kinh tế nước ta dần dần ổn định và phát triển, thị trường ngày càng được mở rộng. Công tác quản lý thị trường, chống đầu cơ, chống buôn lậu, sản xuất, buôn bán hàng giả và các hành vi kinh doanh trái phép đặt ra những yêu cầu mới. Để tăng cường trách nhiệm quản lý Nhà nước của các Bộ, ngành Trung ương và UBND các cấp, ngày 25/4/1994, Chính phủ ban hành Nghị định số 35/CP và giao Bộ Thương mại chịu trách nhiệm thống nhất chỉ đạo công tác quản lý thị trường trong cả nước, đồng thời chuyển giao bộ máy làm việc, tài liệu, tài sản thuộc Ban Chỉ đạo Quản lý thị trường Trung ương sang Bộ Thương mại.
Sau nhiều lần thành lập, hợp nhất các bộ phận, rồi chuyển giao đơn vị chủ quản… nhiệm vụ của lực lượng quản lý thị trường liên tục được mở rộng và ngày càng phức tạp hơn. Thực hiện Nghị định số 10/CP ngày 23/01/1995 của Chính phủ, lực lượng quản lý thị trường từng bước được xây dựng theo yêu cầu chính quy, tổ chức thống nhất và hoạt động xuyên suốt từ Trung ương đến địa phương. Đây là dấu mốc quan trọng đánh dấu bước trưởng thành của lực lượng quản lý thị trường, chuyển Quản lý thị trường từ lực lượng kiêm nhiệm, liên ngành, thành lực lượng chuyên trách chính quy, tổ chức một cách có hệ thống từ Trung ương đến địa phương; có chức năng kiểm tra, kiểm soát thị trường, đấu tranh chống buôn lậu, hàng giả và gian lận thương mại trên thị trường cả nước.
Năm 2000, thi hành Luật Thương mại, Quản lý thị trường được Chính phủ giao thêm chức năng thanh tra chuyên ngành thương mại. Để tăng cường sự phối hợp giữa các Bộ, ngành của Trung ương và địa phương, Thủ tướng Chính phủ đã có Quyết định số 127/2001/QĐ/TTg ngày 27/8/2001 về việc thành lập Ban Chỉ đạo chống buôn lậu, hàng giả và gian lận thương mại ở Trung ương do Bộ trưởng Bộ Công Thương làm Trưởng ban, gọi tắt là Ban Chỉ đạo 127 Trung ương. Ở các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương thành lập Ban Chỉ đạo 127 của tỉnh. Quản lý thị trường được giao nhiệm vụ là cơ quan Thường trực giúp việc Ban Chỉ đạo 127 của tỉnh.
Trên cơ sở thực hiện nhiệm vụ chính trị được giao, lực lượng quản lý thị trường ngày càng khẳng định được vị trí, vai trò trong việc góp phần xây dựng nền kinh tế thị trường theo định hướng xã hội chủ nghĩa và hội nhập kinh tế quốc tế. Ngày 08/3/2016, Ủy ban Thường vụ Quốc hội đã thông qua Pháp lệnh Quản lý thị trường số 11/2016/UBTVQH13 làm cơ sở pháp lý quan trọng để xây dựng lực lượng quản lý thị trường theo yêu cầu chính quy, hiện đại, tổ chức chặt chẽ, thống nhất từ Trung ương đến địa phương. Ban Chỉ đạo 127 Trung ương cũng được thay đổi và nâng cấp cho phù hợp điều kiện thực tiễn (Quyết định số 389/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ thành lập Ban Chỉ đạo quốc gia chống buôn lậu, gian lận thương mại và hàng giả từ Trung ương đến địa phương) trong đó lực lượng quản lý thị trường đóng vai trò thường trực giúp việc cho Trưởng Ban và Ban Chỉ đạo.
