Mục tiêu phát triển nhiên liệu sinh học của Việt Nam thời kỳ 2011-2015, là làm chủ và sản xuất các vật liệu, chất phụ gia phục vụ sản xuất nhiên liệu sinh học; ứng dụng thành công công nghệ lên men hiện đại để đa dạng hóa các nguồn nguyên liệu cho quá trình chuyển hóa sinh khối thành nhiên liệu sinh học. Đến năm 2015, sản lượng ethanol và dầu thực vật đạt 250.000 tấn, đáp ứng 1% nhu cầu xăng dầu của cả nước. Năm 2025, công nghệ sản xuất nhiên liệu sinh học ở nước ta đạt trình độ tiên tiến trên thế giới, sản lượng ethanol và dầu thực vật đạt 1,8 triệu tấn, đáp ứng khoảng 5% nhu cầu xăng dầu của cả nước.
Đề án đã đưa ra 4 nhiệm vụ chủ yếu để thúc đẩy nhanh việc thực hiện, theo đúng mục tiêu đề ra và đề xuất 6 giải pháp chính để phát triển nhiên liệu sinh học khả quan nhất và phù hợp với thực tế của Việt Nam.