Nghị định số 124/2008/NĐ-CP có hiệu lực thi hành từ ngày 01 tháng 01 năm 2009; Nghị định cũng quy định rõ việc giải quyết những tồn tại về thuế, quyết toán thuế, miễn, giảm thuế trước ngày 01 tháng 01 năm 2009 được thực hiện theo quy định của các văn bản pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp, pháp luật về đầu tư nước ngoài tại Việt Nam, pháp luật về khuyến khích đầu tư trong nước và các văn bản quy phạm pháp luật khác ban hành trước ngày Nghị định này có hiệu lực thi hành.