Lúc này, cán bộ công nhân của Công ty phải nghỉ luân phiên. Nhận thấy sản phẩm làm ra không được thị trường chấp nhận, anh Bài đã xin về phân xưởng chế biến Than 3 (T3) để cùng cán bộ công nhân viên giải quyết khó khăn trong chế biên than tiêu thụ. Năm 1990, anh được bầu là Chủ tịch Công đoàn bộ phận T3 và luôn được tín nhiệm ở cương vị đó cho đến nay. Anh là Uỷ viên Ban Chấp hành Công đoàn cơ sở 2 khoá liền, nhiệm kỳ (2000-2002) và (2002-2005). Với năng lực công tác của mình, tháng 4/1995, anh được bổ nhiệm giữ chức vụ phó Quản đốc phân xưởng T3. Dù ở cương vị nào, anh luôn gắn bó với phong trào công nhân và hoạt động Công đoàn với tất cả tận tuỵ, say mê, hết lòng, hết sức lo cho phong trào, lo cho công nhân và luôn tạo điều kiện cho đồng chí của mình cùng vươn lên, nhằm phát huy sức mạnh tập thể, hoàn thành nhiệm vụ được giao. Là đơn vị chế biến than, số nữ công nhân lao động chiếm tỷ lệ cao, do đó, anh luôn phải tìm hiểu tâm tư, nguyện vọng cũng như tâm lý của chị em để bàn bạc với lãnh đạo đơn vị, từ đó có cơ sở bố trí công việc, tạo điều kiện cho chị em lao động có năng suất cao, chất lượng tốt. Khi đoàn viên ốm đau, thai sản, gia đình có việc hiếu, hỷ hoặc khó khăn hoạn nạn, anh cùng Ban Chấp hành, tổ trưởng Công đoàn tới thăm hỏi, động viên cả về vật chất lẫn tinh thần. Chính vì vậy đã tạo nên mối quan hệ gắn bó, hiểu biết giữa Công đoàn bộ phận với từng đoàn viên và giữa đoàn viên với đoàn viên. Là phân xưởng chế biến than ngoài trời, thời tiết mưa, nắng nóng ảnh hưởng nhiều đến sức khoẻ, năng suất lao động, anh đã tìm tòi, suy nghĩ và đề xuất với lãnh đạo công ty cho lắp “Dàn che di động”. Với sáng kiến này đã giúp cho người lao động không bị mưa, nắng, từ đó năng suất lao động được nâng cao, người lao động có thêm sức khoẻ đảm bảo được giờ công lao động...
Những việc làm thiết thực đó đã góp phần thúc đẩy phong trào lao động trong công nhân viên chức lao động làm nên thành tích Công đoàn vững mạnh xuất sắc, được tặng bằng khen của Công đoàn Tổng Công ty Than Việt Nam. Bản thân anh được tặng bằng khen của Bộ LĐTBXH năm 1997 về làm tốt công tác Thương binh - Liệt sỹ. Năm 1999, nhân kỷ niệm 70 năm ngày thành lập Công đoàn Việt Nam, anh được tặng Huy chương “Vì sự nghiệp xây dựng tổ chức Công đoàn”. Năm 2000, anh được Công đoàn Tổng công ty Than Việt Nam tặng bằng khen “Vì đã có thành tích trong phong trào công nhân lao động và hoạt động Công đoàn”. Điều vinh dự hơn cả là năm 2003, năm diễn ra đại hội Công đoàn các cấp, anh lại được bầu là đại biểu đi dự Đại hội cấp trên. Tại Đại hội Công đoàn Công nghiệp Việt Nam lần thứ II (tháng 6/2003), anh Lê Văn Bài được bầu vào đoàn đại biểu đi dự Đại hội lần thứ IX Công đoàn Việt Nam.
