Tuy nhiên, việc xây dựng Thuỷ điện Ialy từ đầu những năm 90 có những đặc điểm rất đáng lưu ý, đó là những biến động chính trị xảy ra tại Liên Xô đã làm ảnh hưởng rất lớn đến quan hệ hợp tác giữa hai nước Việt – Xô, trong đó có việc cung cấp thiết bị cho công trình Thuỷ điện Ialy. Dây chuyền sản xuất của Nhà máy không đồng bộ, thiết bị phải nhập từ nhiều nước khác nhau, có những thiết bị thuộc thế hệ cũ. Từ khi tiếp nhận quản lý vận hành Tổ máy 1 (tháng 5/2000) đến tháng 4/2002, tức là sau khi vận hành tổ máy được hai năm nhưng vẫn còn 10 tồn tại lớn về xây lắp và hàng ngàn khiếm khuyết mà điển hình là, máy phát tổ máy số 3 sệ xuống 5 mm; độ đảo trục tổ máy số 2 luôn tăng cao, vuợt tiêu chuẩn thiết kế cho phép từ 1,5 đến 3 lần; bánh xe công tác (BXCT) của các tổ máy bị xâm thực rất lớn so với thiết kế... Bên cạnh đó, Nhà máy lại đóng trên địa bàn thuộc diện vùng sâu, vùng xa của 2 tỉnh Gia Lai và Kon Tum, hạ tầng cơ sở thiếu thốn, trình độ dân trí rất thấp, phong tục tập quán lạc hậu, đặc biệt là, tình hình an ninh chính trị trên địa bàn Tây Nguyên nói chung và Gia Lai nói riêng những năm qua hết sức phức tạp, các tổ chức phản động trong và ngoài nước câu kết, kích động đồng bào dân tộc gây rối, bạo loạn, đã ảnh hưởng đến các hoạt động sản xuất và bảo vệ tài sản Nhà nước của Nhà máy.
Để hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ sản xuất điện, Lãnh đạo Nhà máy đã đặc biệt chú trọng công tác đào tạo, nâng cao kiến thức chuyên môn và tay nghề cho CBCNV. Ngay từ khi các tổ máy chưa đi vào hoạt động, ngoài việc sắp xếp lực lượng lao động phù hợp, đơn vị đã cử nhiều kỹ sư, công nhân đến các công ty lắp máy, các nhà máy thuỷ điện lớn để học tập kinh nghiệm lắp đặt, quản lý, vận hành, sửa chữa thiết bị, đồng thời tự đào đạo tại Nhà máy để không ngừng cập nhật và nắm bắt dây chuyền công nghệ mới. Coi trọng việc học hỏi các chuyên gia nước ngoài trong quá trình lắp đặt, hiệu chỉnh thí nghiệm thiết bị các tổ máy, tiến tới đảm nhận toàn bộ phần xử lý sự cố hệ thống dây chuyền công nghệ, tiết kiệm tiền vốn cho Nhà nước. Nhờ đó mà đội ngũ cán bộ quản lý, kỹ thuật và công nhân của Nhà máy đã đảm nhiệm toàn bộ công tác quản lý, vận hành dây chuyền công nghệ, thiết bị, thực hiện được công tác sửa chữa, đại tu, khắc phục sự cố mà không cần phải thuê chuyên gia, nhất là chuyên gia nước ngoài. Qua công tác đào tạo, Nhà máy còn bổ sung cán bộ, công nhân kỹ thuật có kinh nghiệm làm lực lượng nòng cốt quản lý, vận hành các nhà máy đã và đang xây dựng trên dọc tuyến sông Sê San.
Nét nổi bật của Nhà máy Thuỷ điện Ialy là, thông qua công tác đào tạo đã phát huy được tinh thần sáng tạo của người lao động. Trong 6 năm tiếp nhận quản lý, vận hành các tổ máy, bằng kiến thức chuyên ngành và những kinh nghiệm thực tế, CBCNV trong đơn vị đã có hàng trăm đề xuất cũng như quyết định quan trọng phục vụ cho công tác sửa chữa, xử lý sự cố và nâng cao hiệu quả hoạt động của các thiết bị, đem lại hiệu quả kinh tế, kỹ thuật hết sức to lớn. Điển hình là các Đề tài: “Nâng công suất vận hành tổ máy từ 180 MW lên 190 MW” nhằm tận dụng lượng nước thừa phải xả qua đập tràn để phát điện nhằm tăng cao sản lượng điện của Nhà máy, đồng thời nâng cao công suất phủ đỉnh của hệ thống điện quốc gia vào giờ cao điểm (tăng thêm 40 MW). Chỉ tính tổng giá mua điện diêzel và nhiệt điện trong thời gian cao điểm (phủ đỉnh) đã làm lợi 177,79 tỷ đồng; Đề tài “Nâng cao hiệu quả các nhà máy thủy điện trên sông Sê San” đang được thực hiện, khi đưa ào ứng dụng sẽ khai thác triệt để nguồn tài nguyên nước trên sông Sê San. Đặc biệt, trong quản lý, vận hành, CBCNV Nhà máy đã vươn lên làm chủ thiết bị, công nghệ, tự thực hiện công tác sửa chữa, xử lý sự cố, trong đó có nhiều sự cố chưa từng xảy ra đối với các nhà máy thuỷ điện ở nước ta và cũng có những sự cố đến cả chuyên gia nước ngoài cũng không khắc phục được. Tập thể lãnh đạo và CBCNV Nhà máy đã có những giải pháp kịp thời để xử lý thành công các sự cố như: Rôto máy phát tổ máy số 3 bị xệ; máy số 1 bị tụt trục tổ máy; độ đảo trục tăng cao của tổ máy số 2; cáp dầu 500 kV chảy vào bình dầu phụ máy biến áp; vết nứt vành chắn dầu ổ hướng tua bin trên trục tổ máy 1; thanh dẫn stator tổ máy số 1 bị hư hỏng do nhiệt độ đầu nối thanh dẫn tăng cao... Việc đẩy mạnh áp dụng sáng kiến cải tiến kỹ thuật, đề xuất hợp lý hoá sản xuất vào thực tiễn đã làm lợi hàng ngàn tỷ đồng cho Nhà nước, trong đó chỉ tính riêng việc các tổ máy không phải ngừng hoạt động dài ngày, đảm bảo nguồn điện cho phát triển kinh tế đất nước thì hiệu quả còn hết sức to lớn, không thể tính bằng tiền. Nhờ vậy mà trong 6 năm kể từ khi tổ máy số 1 đưa vào vận hành, Nhà máy đã sản xuất được 17,625 tỷ kWh điện, đáp ứng yêu cầu của Điều độ hệ thống điện quốc gia. Đặc biệt, Nhà máy Thuỷ điện Sê San 3 là công trình EPC, nhưng để đảm bảo tiến độ và chất lượng công trình, Tổng công ty Điện lực Việt Nam (EVN) đã giao cho Nhà máy Thuỷ điện Ialy quản lý, vận hành ngay từ khâu giám sát lắp đặt, thực hiện việc chạy thử thiết bị, đưa Nhà máy vào vận hành. Đây là một quyết định đúng đắn của EVN nhưng cũng là nơi thể hiện năng lực giám sát và thử nghiệm đưa các nhà máy mới vào vận hành của CBCNV Nhà máy Thuỷ điện Ialy.
Bên cạnh thúc đẩy sản xuất phát triển, nâng cao đời sống của người lao động, Nhà máy còn đẩy mạnh các hoạt động xã hội, nộp ngân sách Nhà nước hơn 3000 tỷ đồng, trích quỹ phúc lợi và quyên góp được hơn 700 triệu đồng để tham gia xây dựng các quỹ đền ơn đáp nghĩa, ủng hộ người nghèo, bảo trợ trẻ em, người già cô đơn... thuộc tỉnh Gia Lai và các huyện Chưpảh, Sa Thầy... trong đó năm 2005, Nhà máy đã đóng góp được hơn 227 triệu đồng để xây dựng nhà tình thương, sửa chữa trường học, mua sắm công cụ sản xuất giúp đỡ các gia đình khó khăn tại các xã Ialy, Iamơnông và Chư đăng Ya... Đồng thời Nhà máy còn tăng cường phối hợp với các cấp chính quyền địa phương, các lực lượng công an, quân đội trên địa bàn để làm tốt công tác tuyên truyền, giáo dục và xây dựng được mạng lưới an ninh nhân dân, làm vành đai bảo vệ an toàn cho người và tài sản của Nhà máy, nhất là việc bảo vệ tài nguyên đất, rừng, tài nguyên nước phục vụ cho sản xuất điện.
Do có những đóng góp quan trọng vào sự nghiệp công nghiệp hoá khu vực các tỉnh Tây Nguyên và cả nước, Đảng bộ Nhà máy Thuỷ điện Ialy được Đảng bộ tỉnh Gia Lai tặng cờ “Cơ sở Đảng 5 năm trong sạch, vững mạnh, tiêu biểu”, các tổ chức Công đoàn, Đoàn Thanh niên đơn vị được cấp trên tặng Cờ và nhiều bằng khen. Nhà máy được Nhà nước tặng thưởng 01 Huân chương Lao động hạng Ba, 02 Cờ thi đua xuất sắc của Chính phủ và được nhận nhiều bằng khen, cờ thưởng của Tổng LĐLĐ Việt Nam, Bộ Công nghiệp, Bộ Công an, Bộ Quốc phòng, UBND tỉnh Gia Lai, Tổng công ty Điện lực Việt Nam trao tặng... Riêng về cá nhân, có hàng trăm lượt CBCNV được tặng thưởng Huân chương Lao động, bằng khen của Chính phủ của các bộ ngành, hàng trăm người được công nhận là chiến sỹ thi đua các cấp, trong đó, Kỹ sư – Giám đốc Nhà máy Huỳnh Nở đã được Chủ tịch nước tặng thưởng Huân chương Lao động hạng Nhất và Chiến sỹ thi đua toàn quốc.
Phát huy thành quả đã đạt được, năm 2006, CBCNV Nhà máy Thuỷ điện Ialy đang nỗ lực không ngừng để quản lý, khai thác hiệu quả các nhà máy thuỷ điện trên hệ thống sông Sê San; tăng cường công tác đầu tư nghiên cứu khoa học, đề xuất và phát huy sáng kiến cải tiến kỹ thuật để áp dụng vào thực tế; đẩy mạnh các phong trào thi đua “Lao động giỏi”, “Lao động sáng tạo” và triệt để thực hành tiết kiệm, giảm các chi phí hành chính, xuất tiêu hao nhiên liệu, nâng cao hiệu suất, năng lực vận hành của dây chuyền, thiết bị, công nghệ. Đồng thời, đẩy mạnh phát huy dân chủ trong Đảng, nâng cao chất lượng công tác chuyên môn, nghiệp vụ, tinh thần trách nhiệm, cải tiến lề lối làm việc, xây dựng công sở văn minh, nếp sống văn hoá, lành mạnh trong CNVC và thực hiện tốt công tác quốc phòng, an ninh, duy trì mối quan hệ chặt chẽ với địa phương để bảo vệ Nhà máy... xứng đáng là công trình đi đầu trong sự nghiệp công nghiệp hoá, hiện đại hoá các tỉnh Tây Nguyên, góp phần thúc đẩy sự nghiệp phát triển kinh tế – xã hội của đất nước.
