Từ đó đến nay, theo đường lối phát triển kinh tế- xã hội của Đảng và Nhà nước, khu vực kinh tế HTX tiếp tục đổi mới và phát triển mạnh hơn, tích cực hơn. Tính đến thời điểm tháng 6/2003, cả nước có 14.207 HTX, Liên hiệp HTX thuộc các ngành, các lĩnh vực kinh tế. Chiếm một phần không nhỏ trong khối kinh tế này là 2.069 HTX công nghiệp, tiểu thủ công nghiệp. Hàng năm, giá trị SXCN-TTCN của các HTX thuộc loại này tăng bình quân 20%, không những đã đem lại hiệu quả kinh tế cao, mà còn giải quyết việc làm và thu nhập cho hàng ngàn lao động.
Theo số liệu thống kê năm 2001, cả nước có khoảng trên 2.060 HTX CN- TTCN và dịch vụ, tập trung chủ yếu vào các ngành nghề sau: chế biến nông sản, thực phẩm, thủ công mỹ nghệ, khạm khảm, đồ gỗ, mây tre đan, dệt may, cơ khí sửa chữa, hàng gia dụng, vật liệu xây dựng, gốm sứ và một số ngành nghề khác với số lượng xã viên khoảng 23.000 người, trong tổng số trên 60.000 lao động liên quan trực tiếp. Có thể thấy rất rõ, các HTX CN- TTCN chủ yếu tổ chức theo 2 loại hình là sản xuất tập trung và vừa tập trung vừa sản xuất phân tán, nhưng mô hình sản xuất tập trung có hiệu quả hơn, vì tập hợp được vốn để đầu tư, đổi mới công nghệ, trang thiết bị hiện đại, mở rộng mặt hàng và hiện đại hoá sản phẩm, hạ giá thành, có điều kiện để ứng dụng tiến bộ kỹ thuật, tổ chức sản xuất có bài bản, quản lý chặt chẽ. Một số HTX còn áp dụng được hệ thống quản lý chất lượng theo tiêu chuẩn ISO và các tiêu chuẩn xã hội khác, xây dựng và quảng bá được thương hiệu sản phẩm, đăng ký bảo hộ độc quyền để chiếm lĩnh thị trường cả trong nước và xuất khẩu. Có thể lấy ví dụ điển hình là Hợp tác xã Công nghiệp Song Long chuyên sản xuất các mặt hàng nhựa công nghiệp và gia dụng ở Hà Nội. Trước khi chuyển đổi, từ năm 1990 đến năm 1996, hàng hóa của Song Long sản xuất ra không tiêu thụ được, dẫn đến doanh thu thấp, bà con xã viên và người lao động không có việc làm, nhiều người đã nghĩ, mô hình HTX đã vào buổi "hoàng hôn". Nhưng năm 1997, Luật HTX ra đời đã đánh dấu một thời kỳ đổi mới, một dấu ấn cho khối kinh tế hợp tác và HTX. Nhờ có Luật HTX mà hoạt động của HTX được bảo trợ của luật pháp Nhà nước, quyền lợi và nghĩa vụ của xã viên được hoạch định, phân chia rõ ràng, tạo niềm tin cho người lao động mạnh dạn đầu tư máy móc, thiết bị. Nhờ đó mà đến thời điểm hiện nay, HTX Song Long đã có một lưng “vốn” rất đáng trân trọng, đó là chuyển đổi từ hệ thống chất lượng ISO 9002 sang hệ thống quản lý chất lượng theo tiêu chuẩn quốc tế ISO 9002: 2000. Bên cạnh đó, HTX Song Long cũng triển khai thực hiện hệ thống quản lý chất lượng toàn diện TQM, một trong những phương pháp quản lý tiên tiến hàng đầu trên thế giới hiện nay.
Trong các HTX Thủ công nghiệp, các HTX điển hình, kinh doanh có hiệu quả thường là các HTX biết tổ chức sản xuất tập trung ở những khâu quan trọng nhất như thiết kế mẫu mã, sản xuất những linh kiện sản phẩm quan trọng nhất, hoàn tất các khâu liên quan đến sản phẩm; Đảm bảo đồng nhất vật tư đầu vào, bao bì mẫu mã thống nhất và tổ chức tìm kiếm thị trường tiêu thụ sản phẩm. Phần sản xuất phân tán tại các hộ gia đình thường là các khâu, các công đoạn không phức tạp, các nội dung chi tiết thông thường của sản phẩm. Loại hình HTX này có đặc điểm là giải quyết được nhiều việc làm không cần mặt bằng sản xuất rộng, tận dụng được điều kiện sản xuất và lao động của các hộ gia đình, gắn kết giữa HTX với thành viên một cách khá chặt chẽ. Ví dụ như trường hợp HTX Dệt may Duy Trinh tỉnh Quảng Nam. Quy mô và năng lực hiện nay gồm 1 dây chuyền thiết bị mắc hồ dệt phục vụ cho công đoạn dệt vải thủ công với 1 máy hồ sợi, 3 máy mắc sợi cung cấp nguyên liệu sản xuất dệt cho 350 máy dệt gỗ thủ công, sản lượng sản xuất hàng năm đạt 2,5 triệu mét vải các loại quy chuẩn. Một dây chuyền thiết bị mắc hồ dệt phục vụ cho công đoạn dệt vải cao cấp với 1 máy hồ sợi, 2 máy mắc sợi cung cấp nguyên liệu sản xuất cho 500 máy dệt sắt. Ngoài ra, HTX Duy Trinh còn có một chuyền hoàn tất vải với công suất 3 triệu m vải/năm và 1 phân xưởng may 5 chuyền với 260 máy may công nghiệp, năng lực sản xuất hàng năm từ 300- 350 nghìn sản phẩm. Với 163 xã viên, 980 lao động, bình quân thu nhập của người lao động khoảng hơn 600.000 đồng/ tháng, HTX Duy Trinh đã thu hút một lượng lớn lao động và đã đem lại nguồn thu nhập ổn định cho họ. Thị trường của Duy Trinh là các khu công nghiệp, khu chế xuất. Vừa qua, HTX đã xây dựng và đưa vào sử dụng gần 4000 m2 nhà xưởng sản xuất với nhiều thiết bị hiện đại, đưa doanh thu của HTX hàng năm lên 3 tỷ đồng.
Rõ ràng, việc phát triển mô hình HTX CN- TTCN đã góp phần rất quan trọng trong sự nghiệp công nghiệp hoá, hiện đại hoá nông nghiệp và nông thôn, thúc đẩy quá trình chuyển dịch cơ cấu kinh tế ở các địa phương theo hướng tăng hiệu quả lao động. Tuy nhiên, trong quá trình hoạt động, các mô hình HTX nói chung, các HTX CN- TTCN nói riêng vẫn gặp nhiều khó khăn.
Về mặt chủ quan, có thể kể đến một số khó khăn như: tính liên kết giữa các HTX còn yếu, trình độ quản lý và kinh nghiệm còn kém, hệ thống mặt bằng sản xuất, kinh doanh của các HTX chật hẹp, công nghệ lạc hậu, phụ thuộc nhiều vào lao động thủ công, khó đảm đương được những hợp đồng lớn… Đặc biệt là vấn đề đào tạo nguồn nhân lực trong các HTX. Tuy người lao động có thể tiếp xúc nghề và được hướng dẫn chỉ bảo từ trẻ, nên tay nghề cao, nhiều kinh nghiệm, nhưng đó cũng là nhược điểm vì phần lớn họ đều chưa được đào tạo có hệ thống quy củ, mà chỉ được truyền nghề, nên dễ gặp khó khăn trong xử lý những tình huống phát sinh.
Trở lại với HTX Công nghiệp Song Long. HTX đã thường xuyên tổ chức đào tạo tại chỗ và mời chuyên gia về giảng dạy cho xã viên và người lao động hoặc tạo điều kiện thuận lợi cho họ có thời gian học hỏi tại các trường, các trung tâm, nhằm trau dồi kiến thức, nâng cao tay nghề. Đến nay, HTX đã có một đội ngũ cán bộ công nhân viên có trình độ nghiệp vụ chuyên môn cao, có thể làm chủ máy móc, thiết bị hiện đại. Có thể nói, Song Long là một trong số những HTX CN- TTCN dám nghĩ, dám làm, mạnh dạn đầu tư cải tạo nguồn nhân lực cho mình.
Về mặt khách quan, các HTX CN- TTCN cũng gặp những khó khăn như sự quan tâm của các cấp chính quyền vẫn còn mang nặng tính hình thức, phong trào, chưa thực sự coi kinh tế hợp tác xã là một trong những thành phần kinh tế nòng cốt trong chuyển đổi cơ cấu kinh tế. Theo Luật HTX thì thủ tục đăng ký kinh doanh, vay vốn ngân hàng còn rất khó khăn và phức tạp. Điển hình là vấn đề vay vốn ưu đãi của Nhà nước. Chính sự phức tạp, thiếu thông thoáng trong quy trình xin vay vốn ở các ngân hàng, quỹ tín dụng đã làm bà con nản lòng. Ngoài ra là vấn đề về quản lý. Mặc dù Đảng và Nhà nước rất quan tâm tới kinh tế HTX, nhưng vẫn thiếu một tổ chức đầu mối duy nhất đại diện cho Nhà nước quản lý, xây dựng một chiến lược phát triển đúng cho HTX trong môi trường kinh doanh biến động liên tục.
Để tạo hành lang pháp lý hiệu quả cho phát triển công nghiệp địa phương nói chung và kinh tế tập thể nói riêng, trong những năm qua, Bộ Công nghiệp đã tích cực xây dựng Dự thảo Nghị định Khuyến công, đề xuất thành lập Quỹ khuyến công từ trung ương đến địa phương. Dự thảo đã được bổ sung, chỉnh sửa nhiều lần qua tiếp thu góp ý của các Bộ, ngành liên quan để chuẩn bị trình Chính phủ. Đồng thời, một công cụ pháp lý hữu hiệu nữa là Thông tư liên bộ về chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của các Sở Công nghiệp (thay thế Thông tư liên bộ số 18/LB-TT ngày 29/6/1996 của BCN-BTCCBCP) cũng đã được Bộ Công nghiệp phối hợp với Bộ Nội vụ xây dựng trình Chính phủ phê duyệt ban hành, tạo điều kiện cho các Sở Công nghiệp thực hiện tốt hơn chức năng QLNN tại địa phương, thúc đẩy mạnh mẽ công nghiệp địa phương nói chung và kinh tế tập thể, kinh tế HTX nói riêng. Trong Hội nghị HTX điển hình tiên tiến toàn quốc lần thứ II vừa tổ chức tại Hà Nội, nguyện vọng của các HTX nói chung là đều mong muốn Nhà nước cũng như các Bộ, ngành chủ quản, cần nhanh chóng có những quyết định nhằm tạo điều kiện thúc đẩy kinh tế tập thể phát triển hơn nữa. Riêng các HTX CN- TTCN thì mong muốn Bộ Công nghiệp khẩn trương hoàn thiện Nghị định Khuyến công, xây dựng Đề án thành lập và cơ chế quản lý, sử dụng Quỹ Khuyến công quốc gia cũng như xây dựng Đề án về cơ chế quản lý và hỗ trợ các cụm- điểm- làng nghề- HTX CN- TTCN.
