Giai đoạn 2 là giai đoạn mở rộng, Nhà máy được khởi công xây dựng ngày 8/8/1998, trên mặt bằng còn lại ở phía Đông, công suất thiết kế là 600 MW, gồm 2 tổ hợp lò hơi – tua bin – máy phát, mỗi tổ có công suất 300 MW, gọi là tổ máy số 5 và số 6. Tổ máy số 5 được bàn giao, phát điện thương mại ngày 28/12/2002 và tổ máy số 6 bàn giao ngày 14/12/2003. Kể từ đó, Nhà máy Nhiệt điện Phả Lại có tổng công suất là 1040 MW, là nhà máy nhiệt điện chạy than lớn nhất Việt Nam và Đông Nam á.
Kể từ cuối năm 1983, khi tổ máy số 1 (giai đoạn 1) được đưa vào vận hành đến hết năm 2002 (dây chuyền 2 chưa xong), Nhà máy đã cung cấp cho đất nước 32,2 tỷ kWh điện năng, bảo đảm các chỉ tiêu kinh tế kỹ thuật. Khi đó, sản lượng điện của Nhà máy Nhiệt điện Phả Lại hàng năm chiếm gần 9% sản lượng điện quốc gia và hơn 70% tổng sản lượng điện của các nhà máy điện chạy than, đóng góp xứng đáng vào công cuộc phục hồi và xây dựng đất nước.
Kể từ khi dây chuyền 2 đi vào hoạt động, vai trò của Nhà máy Nhiệt điện Phả Lại trong lưới điện quốc gia lại càng lớn thêm, mỗi khi 1 tổ máy phải ngừng hoạt động để bảo dưỡng định kỳ là lưới điện bị ảnh hưởng đáng kể. Năm 2005, Nhà máy đã sản xuất được 6,15 tỷ kWh điện thương mại, chiếm 13,5% sản lượng điện thương phẩm của cả nước. Kể từ tháng 2/2006, Nhà máy bước vào giai đoạn mới, thực hiện cổ phần hóa, nhà nước giữ cổ phần chi phối và mang tên mới là Công ty Cổ phần Nhiệt điện Phả Lại.
Đó là những con số, những thời điểm đáng ghi nhớ của một công trình lớn. Hiện tại, nhiệm vụ chính của hơn 2 ngàn CBCN Nhiệt điện Phả Lại là nắm vững kỹ thuật để vận hành tốt dây chuyền 2 với công nghệ hiện đại, để đại tu, sửa chữa cái tổ máy của dây chuyền 1 sau hơn 20 năm vận hành, để sản xuất thật nhiều điện cho đất nước.
Ngoài việc chăm lo bảo dưỡng, sửa chữa thiết bị, Công ty luôn chú trọng đến công tác an toàn, bảo hộ lao động, coi đây là nhiệm vụ hàng đầu, đã từng có nhiều năm liền được công nhận là đơn vị xuất sắc trong công tác an toàn lao động. Đã từ lâu, hệ thống an toàn bảo hộ lao động đã được xây dựng và hàng năm đều được bổ sung, thời sự hóa, kiện toàn từ cấp Công ty đến tổ sản xuất. Hội đồng BHLĐ Công ty được thành lập, bao gồm các thành viên am hiểu về an toàn vệ sinh lao động, vệ sinh môi trường, có phân công trách nhiệm cụ thể cho từng thành viên nên đã phát huy tốt vai trò tham mưu cho Ban giám đốc. Bộ phận chuyên trách làm công tác kỹ thuật an toàn BHLĐ gồm 4 cán bộ được biên chế thuộc phòng Kỹ thuật, trong đó có 3 kỹ sư và 1 kỹ thuật viên trung cấp. Công ty có 12 đơn vị trực tiếp sản xuất, mỗi đơn vị đều có 01 cán bộ làm công tác an toàn, trong đó có 3 người chuyên trách và 9 người làm kiêm nhiệm. Ngoài ra, Công ty còn có hệ thống an toàn vệ sinh viên, gồm 144 người ở 144 tổ sản xuất và đơn vị vận hành.
Công tác tuyên truyền, huấn luyện, quản lý AT-VSLĐ-PCCN luôn được lãnh đạo Công ty đề cao. Năm 2005, Công ty đã huấn luyện, sát hạch quy trình kỹ thuật an toàn cho 2086 CNV; công nhân tuyển mới, kể cả hợp đồng ngắn hạn đều được bồi huấn và kiểm tra; bồi dưỡng kiến thức pháp luật về BHLĐ cho 100% cán bộ quản lý, công nhân vận hành thiết bị nâng, cán bộ nghiệp vụ… Ngoài việc hướng dẫn cho các đơn vị tự kiểm tra an toàn lao động ít nhất 3 lần/tháng, Giám đốc và Công đoàn còn kiểm tra kỹ thuật vận hành 22 lần/năm, hàng chục lần kiểm tra đột xuất và một đợt tổng kiểm tra 12 ngày tại 12 phân xưởng trực tiếp sản xuất.
Với cách làm rất bài bản, từ tuyên truyền, huấn luyện và kiểm tra việc thực hiện công tác AT-VSLĐ-PCCN như vậy, nên từ năm 1990 đến nay, Công ty Cổ phần Nhiệt điện Phả Lại với hơn 2 ngàn lao động không để xảy ra tai nạn lao động nghiêm trọng, tai nạn chết người.
Để sản xuất an toàn và hiệu quả, vận hành công nghệ hiện đại, Công ty luôn quan tâm tới yếu tố con người, tạo mọi điều kiện cần thiết để mọi người không ngừng nâng cao trình độ kỹ thuật, nghiệp vụ cũng như nhận thức chính trị, tư tưởng. Công ty còn ban hành nhiều quy chế nội bộ, quy định rõ trách nhiệm và quyền lợi cụ thể cho người lao động, thực hiện công khai những quy định, tạo nên sự công bằng trong cơ quan, đó là nền tảng làm nên sự đoàn kết nội bộ. Điều đó đã khích lệ mọi người phấn khởi, thi đua lao động, học tập nâng cao trình độ mọi mặt với hy vọng được đảm nhiệm những công việc đòi hỏi năng lực cao hơn, tất nhiên kèm theo đó là thu nhập được cải thiện.
Mặt khác, Công ty cũng thực hiện nhiều hình thức kỷ luật từ khiển trách, cảnh cáo, hạ lương, cách chức đến sa thải đối với những trường hợp vi phạm kỷ luật, mắc sai lầm khuyết điểm. Hàng năm, Công ty đã chi hàng tỷ đồng từ Quỹ khen thưởng để động viên kịp thời CBCN có những thành tích cụ thể làm lợi cho sản xuất.
Công ty đã tổ chức lại sản xuất, mô hình chuyên sản xuất (vận hành) và chuyên sửa chữa cùng với việc ban hành các quy chế nội bộ, công tác hạch toán nội bộ đã đi vào nề nếp và đang phát huy hiệu quả. Với cách làm như thế, chúng tôi tưởng rằng, sau cổ phần hóa, Công ty Cổ phần Nhiệt điện Phả Lại sẽ có bước phát triển mới.
