Hợp tác xã mua bán là "cánh tay nối dài" của mậu dịch quốc doanh. Chiến tranh phá hoại miền Bắc bằng không quân những năm 1965-1972 làm cho mọi hoạt động của nền kinh tế cũng như hoạt động thương nghiệp thời kỳ ấy phải chuyển hướng cho phù hợp với tình hình mới.
Trước hết phải di chuyển và phân tán kho tàng, hàng hóa, phân bố lại lực lượng hàng hóa dự trù ở từng cấp, từng vùng để đề phòng địch đánh phá, nhanh chóng bố trí lại và chiếm lĩnh địa bàn hoạt động mới, mở thêm mạng lưới ở nông thôn, nơi có đông đồng bào, cơ quan, xí nghiệp sơ tán đến. Giờ giấc và phương thức hoạt động mua bán phải thay đổi cho phù hợp với yêu cầu phòng không.
Trong những tháng không quân Mỹ dội bom ác liệt, các điểm bán lẻ của thương nghiệp quốc doanh (gồm mậu dịch quốc doanh và HTX mua bán) không ngừng mở rộng.
Tổ chức hợp tác xã mua bán từ huyện, tỉnh đến Trung ương đều do các cơ quan quản lý nhà nước về thương nghiệp phụ trách. Ở tỉnh, thành phố, các Ban Quản lý hợp tác xã mua bán có vị trí như một phòng chức năng của Sở Thương nghiệp, đồng thời có nhiệm vụ hướng dẫn phong trào hợp tác xã mua bán trong tỉnh, thành phố. Ở Trung ương có Ban Quản lý hợp tác xã mua bán Việt Nam.
Mạng lưới hợp tác xã mua bán được củng cố trong thời bình đã phát triển nhanh chóng trong thời chiến. Từ năm 1965 trở đi, khi cuộc chiến tranh phá hoại miền Bắc lần thứ nhất bắt đầu, các trung tâm mua bán của khu vực đô thị phân tán xuống các huyện, xã; thị trường nông thôn trở thành đối tượng phục vụ chính. Năm 1965 có 8.485 hợp tác xã mua bán, lên đỉnh cao 10.628 hợp tác xã mua bán vào năm 1968 sau đó, giảm dần ở thời kỳ khôi phục kinh tế những năm 1973 - 1975, với 9.023 hợp tác xã mua bán năm 1975.
Số điểm bán lẻ của hợp tác xã mua bán gần gấp 2 lần so với điểm bán lẻ của mậu dịch quốc doanh, nhưng tổng mức bán lẻ của các hợp tác xã mua bán chỉ trên dưới 20% so với mậu dịch quốc doanh.
Tuy nhiên, hợp tác xã mua bán còn có chức năng như “cánh tay nối dài” của mậu dịch quốc doanh trong thu mua nông sản, thực phẩm và bán hàng công nghiệp trên thị trường nông thôn, vừa phải tự kinh doanh để phục vụ sản xuất và đời sống nông dân trên địa bàn. Đặc biệt, trong 2 lần chiến tranh phá hoại của không quân, hải quân Mỹ, xã viên hợp tác xã mua bán còn là những chiến sĩ vận chuyển, áp tải hàng hóa đi qua các trọng điểm bị đánh phá ác liệt bảo đảm an toàn về kho, họ cũng là người đưa hàng hóa tới tận các chiến hào, mâm pháo cho bộ đội, dân quân. Nhiều xã viên đã anh dũng hy sinh khi đang trên đường làm nhiệm vụ.
Để hình dung rõ hơn “cánh tay nối dài” của mậu dịch trong thu mua nông sản, hãy xem một vài số liệu sau: Mức tăng bình quân của nông nghiệp chỉ khoảng 1,2% mỗi năm; đến 1975 nông nghiệp cũng chỉ chiếm 29% trong cơ cấu tổng sản phẩm xã hội, nhưng khối lượng thu mua lương thực, thực phẩm từ các hợp tác xã nông nghiệp để cung cấp cho quốc phòng và các ngành kinh tế khác rất lớn. Hầu hết các địa phương đều đạt hoặc vượt nghĩa vụ đóng góp các chỉ tiêu nông sản, ngay ở cả những nơi từng xảy ra chiến tranh ác liệt.
Các phương thức hoạt động mua bán cũng được điều chỉnh cho phù hợp với điều kiện có chiến tranh. Các hợp tác xã mua bán chuyển các hoạt động giao dịch thương mại ở những điểm cố định sang hoạt động lưu động, bám sát những nơi có nhu cầu mới phát sinh để phục vụ. Dọc các tuyến đường giao thông mới mở, các cơ sở sản xuất mới xây dựng, các nơi có dân cư sơ tán đều có thể trở thành các tụ điểm mua bán và lưu thông hàng hóa do các hợp tác xã cung ứng.
Trong những năm 1965 - 1975, hai lực lượng mậu dịch quốc doanh và hợp tác xã mua bán có sự đóng góp tích cực trong đời sống xã hội. Về tổng mức bán lẻ hàng hóa xã hội, cả hai lực lượng có mức tăng trưởng trên dưới 2 lần, trong đó, mậu dịch quốc doanh tăng 1,9 lần, hợp tác xã mua bán tăng 2,2 lần, nắm tới 75 - 80% tổng mức bán lẻ trong nước; trong khi thị trường tự do (lúc đó gọi là thị trường không có tổ chức) nắm khoảng 20 - 25%.
