Nguyên nhân là do hai kho thuốc thuộc HTX nông nghiệp Hòa Kiến 3 và HTX nông nghiệp Xuân Thọ 1 đầu tư kinh doanh BVTV nhưng đã bị bỏ hoang từ gần 20 năm nay. Năm 2008, Chi cục BVTV tỉnh Phú Yên đã trình kế hoạch xử lý tiêu huỷ các kho thuốc BVTV trên địa bàn tỉnh gây ô nhiễm, trong đó kho thuốc của HTX nông nghiệp Hoà Kiến 3 cần phải xử lý bằng giải pháp xúc bỏ toàn bộ phần đất nhiễm hoá chất với khối lượng 22,5 tấn. Đối với kho thuốc BVTV của HTX nông nghiệp Xuân Thọ 1 (thị xã Sông Cầu) rộng 20 m2, qua kiểm tra của Sở Tài nguyên và Môi trường đã xác định nền đất bị nhiễm do còn tồn lưu khoảng 75 kg Vofatox, bốc mùi hôi rất khó chịu, ảnh hưởng trực tiếp đến sức khỏe và đời sống nhân dân trong khu vực. Điều đáng nói, vị trí kho thuốc lại nằm trong khuôn viên Trường THCS Đoàn Thị Điểm và xung quanh khu vực này là dân cư sinh sống.
Ngoài ra, tại văn bản chỉ đạo, UBND tỉnh Phú Yên còn đề nghị phải tháo dỡ hai nhà kho hiện hữu, bốc và thay thế toàn bộ khối lượng đất phát hiện đang còn tồn lưu hóa chất, gồm nền và khu vực cách tường khoảng 1 mét với độ sâu từ 1 đến 2 mét; đổ bê tông dày 15 cm, tạo thành mặt sân có nền phù hợp. Vị trí đổ đất thải còn tồn lưu hóa chất phải cách xa khu dân cư, nằm trên đất trồng cây lâu năm hoặc rừng sản xuất, phòng hộ, đặc dụng…
