Tuy nhiên, trên thực tế hiện nay, số lượng hàng hóa thông qua các cảng đã vượt quá xa dự báo và tiếp tục phát triển theo đà tăng trưởng kinh tế. Quy hoạch cảng biển như hiện nay đang bộc lộ nhiều bất cập, chưa đáp ứng được nhu cầu phát triển kinh tế đất nước.
Theo quy hoạch đã được Chính phủ phê duyệt từ nay đến năm 2010, ngành Hàng hải sẽ xây dựng thêm 10 cảng biển tổng hợp, với số vốn khoảng 60.000 tỷ đồng. Quy hoạch là vậy, nhưng chỉ mới đến năm 2007, sản lượng hàng hóa thông qua các cảng đã đạt hơn 180 triệu tấn, vượt xa con số dự báo 100 triệu tấn hàng hóa thông qua vào năm 2010.
Theo đánh giá của các chuyên gia kinh tế biển, quy hoạch cảng biển chi tiết hiện nay còn nhiều bất cập. Trước hết là tầm nhìn của quy hoạch ngắn và năm mục tiêu để lập dự báo khá gần, dẫn đến tình trạng xây dựng cảng manh mún, bị động, đối phó với các nhu cầu phát sinh mà thiếu quy hoạch với tầm xa hơn để có những dự án cảng chủ lực hiện đại, có sức cạnh tranh cao. Điển hình như ở khu vực cảng Hải Phòng, trước đây chỉ có một cảng và do một đơn vị quản lý, thì nay, ở bán đảo Ðình Vũ và toàn bộ khu vực Hải Phòng đã có tới 28 cảng và do nhiều đơn vị quản lý. Cảng Lạch Huyện đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt, nhưng hiện tại các cơ quan tham mưu mới chỉ cho phép Tổng công ty Hàng hải Việt Nam xây dựng 03 cầu cảng, số còn lại sẽ do nhiều đơn vị cùng đầu tư. Với cách làm này, rất có thể cảng Lạch Huyện cũng dễ bị "chia nhỏ" như cảng Ðình Vũ. Thực trạng manh mún này dẫn tới việc các doanh nghiệp đầu tư nhỏ lẻ. Thay vì việc các cảng được khơi thông luồng lạch, mở rộng cầu tàu để đón những tàu có trọng tải lớn, thì lại cho ra đời hàng loạt những cảng nhỏ chỉ đón được tàu có trọng tải tối đa là 12.000 TEUs, trong khi trên thế giới, các nhà vận tải biển đã hướng tới việc đóng những chiếc tàu có trọng tải tới 25.000 TEUs.
Bên cạnh đó, là việc cấp giấy phép đầu tư cảng quá dễ dàng, địa phương nào cũng cho xây dựng cảng, mạnh ai nấy làm, nên phong trào xây dựng cảng trở nên nở rộ, có nhiều công trình xây xong chỉ để ngắm, hoặc hiệu quả khai thác không cao.
Ngoài ra, việc quy hoạch cảng cũng chưa quan tâm nhiều đến điều kiện địa lý và chân hàng. Một cảng tốt phải ở gần biển và luồng lạch phải đủ độ sâu để tàu ra vào thuận lợi và trên nguyên tắc có hàng mới xây dựng cảng. Thế nhưng vừa qua, có những cảng được xây dựng ở những nơi mà luồng lạch ra vào không thích hợp, để rồi phải bỏ ra hàng nghìn tỷ đồng nạo vét hoặc làm luồng lạch mới, gây lãng phí lớn. Đơn cử như cảng Cái Cui ở Cần Thơ, đây là một trong hai cảng lớn nhất ở Đồng bằng sông Cửu Long, được xây để tiếp nhận tàu 20.000 DWT, với tổng mức đầu tư trên 700 tỷ đồng, được khánh thành giai đoạn 1 vào tháng 2/2006. Thế nhưng, do luồng Định An đi vào cảng bị cạn, nên chỉ cho phép tàu 5.000 DWT ra vào bốc xếp hàng hóa. Để có thể khai thác tối đa công suất của cảng Cái Cui thì phải chờ mở luồng mới qua kênh Quan Chánh Bố, với tổng chi phí đầu tư dự kiến lên đến 3.200 tỷ đồng - một con số không nhỏ, nhưng liệu có đem lại hiệu quả như mong muốn?
Hay cảng Hải Hà, cảng này mặc dù không thấy tên trong quy hoạch của hệ thống cảng biển Việt Nam đến năm 2020, nhưng đây được xem là cảng lớn nhất ở nước ta từ trước đến nay, cho phép tiếp nhận tàu 200.000 DWT hoặc tàu container siêu khổng lồ 14.500 TEUs sẽ được đưa vào hoạt động vào năm 2015 trở đi. Nhưng điều đáng lo là cảng Hải Hà nằm ở vị trí không thuận lợi cho hàng hải, cách xa các tuyến đường biển quốc tế… Và quan trọng hơn, ở khu vực phía Bắc đã có tới 3 cảng nước sâu là Hải Phòng, Lạch Huyện và Cái Lân. Vậy thì nguồn hàng ở khu vực này liệu có bảo đảm cho từng ấy cảng lớn hoạt động hay không? Trong tương lai không xa, sẽ xảy ra tình trạng cạnh tranh gay gắt giống như ở miền Trung, nơi mà 7 cảng biển cùng quy mô nằm trên một trục đường biển chưa đầy 700km.
Một bất cập nữa là ngay cả các cảng lớn do trung ương quản lý, tình trạng phát triển cũng chồng lấn nhau. Cụm cảng nội thành TP.HCM được di dời ra Cái Mép - Thị Vải và Hiệp Phước - Nhà Bè, đã hình thành và đang được xây dựng thành 5 cảng mới với vốn đầu tư gần 1 tỷ USD. Nay cụm cảng này bị chồng lấn bởi đề án xây dựng cảng Sao Mai - Bến Đình, trong lúc nhiều nhà khoa học đã cảnh báo từ lâu là việc xây cảng này sẽ ảnh hưởng lớn đến hoạt động của các cảng nằm trên sông Thị Vải, gây ách tắc luồng lạch và ô nhiễm cho cả khu vực, trong đó có cả thành phố nghỉ mát Vũng Tàu.
Việc đầu tư không đồng bộ giữa cảng và hệ thống đường giao thông cũng đang là một bất cập lớn, do đó gần đây, tại một số cảng lớn như: cảng Sài Gòn, cảng Hải Phòng... thường xuyên xảy ra tình trạng ứ đọng hàng hóa, gây thiệt hại rất lớn về kinh tế.
Hiện chưa có cảng nước sâu, mặc dù cảng Cái Lân hiện được coi là cảng sâu nhất và được xây dựng khá hiện đại, có thể đón tàu 5 vạn tấn, nhưng hiện mới chỉ đón được tàu dưới 3 vạn tấn ra vào, do luồng ra vào quá khan cạn.
Mới đây, các bến 2,3,4 của cảng Cái Lân cũng đã được UBND tỉnh Quảng Ninh cấp phép đầu tư cho Công ty TNHH Cảng container quốc tế Cái Lân - liên doanh bởi Công ty Cổ phần Đầu tư Cảng Cái Lân (Tổng công ty Hàng hải Việt Nam) và Tập đoàn SSA Marine (Hoa Kỳ). 3 bến này đi vào hoạt động sẽ tiếp nhận được tàu container trọng tải 4 vạn tấn.
Như vậy, trong số 266 cảng, hiện chưa có cảng nào đủ sức cho tàu 5 vạn tấn ra vào, trong khi các cảng khu vực đã có thể tiếp nhận tàu hơn chục vạn tấn, điều này đã làm hạn chế khả năng khai thác cảng biển của nước ta, trực tiếp gây thiệt hại cho nền kinh tế quốc dân. Để giải bài toán này, các đơn vị đang huy động các nguồn vốn để đẩy nhanh tiến độ xây dựng các cảng nước sâu như: Lạch Huyện (Hải Phòng), Cái Lân (Quảng Ninh), Vân Phong (Khánh Hòa)... Dự kiến vào tháng 10/2008, cảng trung chuyển container quốc tế Vân Phong sẽ được khởi công xây dựng với công suất 75.000 TEUs.
Công tác quy hoạch cảng biển thời gian qua đã bộc lộ nhiều yếu kém và không đồng bộ, dẫn đến lãng phí, thiệt hại tiền của và tài nguyên quốc gia. Để tránh đầu tư dàn trải một cách hữu hiệu nhất, cần phải xây dựng được một quy hoạch khoa học có tầm nhìn chiến lược không thể là 20 năm mà phải là 50 năm trở lên. Việc quy hoạch cảng phải bao gồm hậu phương cảng và phải mời các tổ chức tư vấn quốc tế có uy tín tham gia lập, góp ý kiến hoặc phản biện quy hoạch. Có như vậy mới đạt được hiệu quả cao trong quy hoạch cảng biển.
