Theo sách "Lịch sử Công Thương Việt Nam 1945-2010", trong bối cảnh không quân Mỹ ném bom miền Bắc, các trường thuộc ngành Công Thương sơ tán khỏi các khu đô thị để tiếp tục thực hiện nhiệm vụ đào tạo và nghiên cứu khoa học.
Trường Cán bộ Ngoại giao - Ngoại thương sơ tán về thôn Thù Lâm, xã Tiên Phong, Huyện Phổ Yên, Thái Nguyên. Khi sơ tán lên Phổ Yên chỉ có khoá 2 và khoá 3 Ngoại thương và Ngoại giao cùng sơ tán theo trường, riêng khoá 1 chiêu sinh từ Trường Kinh tế - Tài chính, chuẩn bị tốt nghiệp nên được phân công tất cả về các Tổng công ty XNK (thuộc Bộ Ngoại thương) để thực tập và ôn thi tốt nghiệp.
Bắt đầu khóa 5 (1966 - 1967) trường Cán bộ Ngoại giao - Ngoại thương được tách ra thành 2 trường: Trường Ngoại giao - trực thuộc Bộ Ngoại giao và Trường Ngoại thương - trực thuộc Bộ Ngoại thương (theo Quyết định số 123/CP ngày 14/8/1967 của Hội đồng Chính phủ).
Khi chia tách thành 2 trường, trường Ngoại thương chuyển về xã Hồng Sơn, huyện Mỹ Đức, Hà Tây (nay là Hà Nội). Với phương châm đào tạo “học đi đôi với hành”, Trường dành hẳn 1 học kỳ để sinh viên đi thực tập nghiệp vụ tại các tổng công ty xuất nhập khẩu và các đơn vị trực thuộc Bộ Ngoại thương.
Tuy nhiên, do ngành Ngoại thương thời đó chưa thực sự là “buôn bán quốc tế”, theo những luật lệ và luật chơi của thị trường, mà chủ yếu là tiếp nhận viện trợ từ các nước XHCN. Xuất, nhập khẩu với vài thị trường Tư bản chủ nghĩa, kim ngạch nhỏ bé chủ yếu qua thị trường Hồng Kông. Vì vậy, nghiệp vụ ngoại thương mà các giáo viên, sinh viên tiếp nhận được từ các công ty xuất nhập khẩu cũng không nhiều.
Để đào tạo nguồn nhân lực có trình độ đại học, Hội đồng Chính phủ ban hành Quyết định số 182/CP ngày 03/9/1965, mở hệ đại học tại Trường Thương nghiệp Trung ương. Trường triển khai đào tạo đại học trong điều kiện có chiến tranh, phải đi sơ tán về nhiều nơi.
Ngày 15/6/1966, một số lớp và bộ môn đi sơ tán về thôn Đục Khê, xã Hương Sơn, huyện Mỹ Đức, tỉnh Hà Tây (nay là Hà Nội). Ngày 16/5/1967 toàn Trường sơ tán về 5 xã Phú Cường, Hùng Cường, Đức Hợp, Mai Động, Phú Thịnh thuộc huyện Kim Động, tỉnh Hưng Yên.
Ở nơi sơ tán, Trường đã thực hiện “Giảng dạy và sẵn sàng chiến đấu”, “đảm bảo an toàn tuyệt đối” cho cán bộ, giáo viên, công nhân viên và sinh viên. Cuối năm 1968, khi chiến tranh phá hoại bằng đường không lần thứ nhất chấm dứt, giáo viên và học viên trở về Hà Nội.
Đến tháng 4/1972, cuộc chiến tranh phá hoại lần thứ hai bắt đầu, một bộ phận cán bộ giáo viên và sinh viên Trường sơ tán về huyện Phúc Thọ tỉnh Hà Tây (nay là Hà Nội). Ngày 10/7/1972, toàn Trường sơ tán về xã Thạch Đồng và Hoàng Xá, huyện Thanh Thủy, tỉnh Phú Thọ.
Từ khi trường sơ tán về Hà Tây, Phú Thọ, việc giảng dạy, học tập phải phân tán ở nhiều thôn, xã, có thời gian phải chia thành lớp nhỏ nên đã gặp rất nhiều khó khăn trong giảng dạy và học tập.
Tình hình của các trường trung cấp kỹ thuật, nghiệp vụ thương mại cũng tương tự. Năm 1966 Trường Trung cao Cơ điện (nay là Đại học Công nghiệp Hà Nội) đổi tên thành trường Trung học Cơ khí I. Trong thời gian chiến tranh Trường sơ tán lên tỉnh Vĩnh Phúc.
Mặc dù phải đi sơ tán nhiều nơi, việc học tập, nghiên cứu và thực hành hết sức khó khăn, nhưng với tinh thần “mỗi người làm việc bằng hai”, các trường đại học, trung cấp thuộc các Bộ quản lý ngành công Thương đã hoàn thành chỉ tiêu đào tạo và nghiên cứu. Mỗi năm cung cấp hàng vạn cán bộ, kỹ sư, công nhân kỹ thuật, mậu dịch viên… cho các ngành kinh tế.
Đặc biệt, cán bộ, giáo viên và học viên các trường thực hiện tốt nhiều nhiệm vụ đột xuất của thời chiến, như lớp Công nghệ phẩm 4, Trường Thương nghiệp Trung ương đã tham gia cứu hàng bị máy bay địch đánh phá tại tổng kho Đức Giang trong trận Điện Biên Phủ trên không 12 ngày đêm.
Năm 1973, đang trong thời gian chuẩn bị thi tốt nghiệp, lớp Kỹ thuật ăn uống 4 được Bộ Nội thương điều động phục vụ cho việc trình Quốc thư của các nước Á - Phi với Chính phủ Cách mạng lâm thời Cộng hòa miền Nam Việt Nam tại tỉnh Quảng Trị, và đã hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ được giao, được biểu dương khen thưởng…
Trong giai đoạn này, có một số trường được xây dựng ở chiến trường miền Nam, như Trường Nghiệp vụ Thương nghiệp Trung Trung bộ, thành lập ngày 27/3/1973, thuộc Ban Kinh tế Khu V, đóng tại thôn Nước Oa, xã Trà Tân, huyện Trà My, tỉnh Quảng Nam.
Lúc bấy giờ trường có nhiệm vụ đào tạo cán bộ phục vụ hậu cần cho công cuộc kháng chiến giải phóng Miền Nam và chuẩn bị đội ngũ cán bộ thương nghiệp tham gia công tác tại các tỉnh Khu V sau khi chiến tranh kết thúc.
Ngày 29/3/1975 thành phố Đà Nẵng được hoàn toàn giải phóng, trường được chuyển về đóng tại phường Thọ Quang, quận Sơn Trà, thành phố Đà Nẵng và tiếp tục sự nghiệp đào tạo cán bộ thương nghiệp cho các tỉnh khu vực miền Trung.
