Nhằm ổn định tổ chức, đề phòng tình trạng cục bộ địa phương, mất đoàn kết nội bộ, ảnh hưởng tới hiệu quả công tác, lãnh đạo Cục Thuế Hà Nội (mới) đã cử nhiều đoàn cán bộ bám sát cơ sở, nắm chắc tình hình và xử lý kịp thời những khó khăn, vướng mắc, nhằm bố trí, sắp xếp đúng cán bộ trên cơ sở công tâm, khách quan, dân chủ, công khai, minh bạch . Tất cả cán bộ, đảng viên, công chức của Cục Thuế Hà Nội đã quán triệt tinh thần đoàn kết, gương mẫu, nỗ lực phấn đấu vì một mục tiêu chung là xây dựng ngành Thuế Thủ đô vững mạnh về mọi mặt, hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ được giao. Một giải pháp quan trọng được áp dụng là phân cấp, phân quyền, tăng cường trách nhiệm cho người đứng đầu các Chi cục và các Đội thuế để có thể giải quyết dứt điểm nhiều việc phát sinh sau ngày hợp nhất.
Với mục tiêu giành cho người nộp thuế sự thuận lợi nhất, Cục Thuế Hà Nội đã có phương án hợp nhất dữ liệu quản lí thuế thống nhất trên địa bàn Thủ đô, xây dựng hạ tầng công nghệ thông tin, hỗ trợ công tác thu nợ, triển khai mô hình “một cửa”, nhằm hoàn thành kế hoạch thu ngân sách năm 2008 và triển khai thực hiện sắc Thuế Thu nhập cá nhân, có hiệu lực thi hành từ ngày 1-1-2009.