Tóm tắt:
Việc ghi nhận và kiểm soát thuế giá trị gia tăng đầu vào giữ vai trò then chốt trong quản lý chi phí và quản trị dòng tiền. Nghiên cứu này phân tích thực trạng và đề xuất giải pháp hoàn thiện công tác kế toán thuế giá trị gia tăng đầu vào trong doanh nghiệp xuất khẩu. Kết quả cho thấy, các doanh nghiệp thường gặp khó khăn trong khâu chứng từ, thanh toán và đối chiếu thông tin với cơ quan thuế và hải quan, dẫn đến việc hoàn thuế kéo dài và làm gia tăng chi phí tài chính. Những đề xuất trong bài viết nhằm góp phần nâng cao tính minh bạch, giảm rủi ro và tăng hiệu quả tài chính cho doanh nghiệp.
Từ khóa: thuế giá trị gia tăng, thuế đầu vào, doanh nghiệp xuất khẩu, kế toán thuế, hoàn thuế, chứng từ kế toán.
1. Đặt vấn đề
Trong nhiều năm qua, khu vực xuất khẩu luôn chiếm vị trí quan trọng trong nền kinh tế Việt Nam. Bên cạnh lợi thế về nguồn nhân lực và chi phí sản xuất, doanh nghiệp xuất khẩu còn được hưởng ưu đãi về thuế giá trị gia tăng khi hàng hóa xuất khẩu áp dụng thuế suất không phần trăm. Điều này tạo cơ hội để doanh nghiệp được khấu trừ và hoàn toàn bộ thuế giá trị gia tăng đầu vào. Tuy nhiên, lợi ích này chỉ đạt được khi doanh nghiệp đáp ứng đầy đủ yêu cầu về hóa đơn, chứng từ, thanh toán và dữ liệu liên quan đến hoạt động xuất khẩu.
Trong thực tế, nhiều doanh nghiệp vẫn gặp khó khăn do sai sót về hóa đơn hoặc thanh toán không phù hợp quy định, dẫn đến bị loại khoản thuế đề nghị hoàn. Điều này gây ảnh hưởng trực tiếp đến dòng tiền, làm tăng áp lực vốn lưu động và chi phí tài chính. Do vậy, nghiên cứu công tác kế toán thuế giá trị gia tăng đầu vào có ý nghĩa quan trọng, nhằm đánh giá những bất cập còn tồn tại và đề xuất giải pháp phù hợp cho doanh nghiệp xuất khẩu.
2. Quy định mới nhất về kế toán thuế giá trị gia tăng đầu vào trong doanh nghiệp xuất khẩu
Từ ngày 01/7/2025, Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 (sửa đổi, bổ sung) chính thức có hiệu lực, kèm theo Nghị định số 181/2025/NĐ-CP và Thông tư số 69/2025/TT-BTC hướng dẫn chi tiết các điều kiện, hồ sơ và tài liệu liên quan đến thuế GTGT. Những thay đổi này tác động trực tiếp đến cách kế toán thể hiện và kiểm soát thuế GTGT đầu vào trong doanh nghiệp xuất khẩu.
Trước hết, điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào được quy định rõ hơn. Theo hướng dẫn mới, doanh nghiệp chỉ được khấu trừ thuế GTGT nếu có đầy đủ chứng từ chứng minh giao dịch, bao gồm hóa đơn GTGT hợp lệ hoặc chứng từ nộp thuế đối với hàng hóa nhập khẩu và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt cho mọi khoản giao dịch từ 5 triệu đồng trở lên (bao gồm cả thuế), trừ các trường hợp đặc thù được Chính phủ quy định khác. Đây là một bước cụ thể hóa nguyên tắc minh bạch trong thanh toán để tránh các rủi ro gian lận thuế.
Đối với doanh nghiệp xuất khẩu, quy định mới bổ sung thêm nhiều tài liệu được công nhận làm cơ sở khấu trừ thuế GTGT, bao gồm phiếu đóng gói, vận đơn và chứng từ bảo hiểm hàng hóa nếu có. Việc ghi nhận các tài liệu này nhằm đảm bảo hàng hóa thực sự được xuất khẩu và kết nối chặt chẽ hơn giữa chứng từ kế toán và chứng từ xuất nhập khẩu.
Ngoài ra, Luật GTGT sửa đổi quy định rõ điều kiện hoàn thuế GTGT đầu vào cho hàng xuất khẩu. Cụ thể, doanh nghiệp phải có hợp đồng xuất khẩu với đối tác nước ngoài, tờ khai hải quan đã được thông quan và chứng từ thanh toán qua ngân hàng liên quan đến giao dịch xuất khẩu. Quy định này nhằm đảm bảo tính thống nhất giữa hồ sơ thuế và hoạt động xuất khẩu thực tế của doanh nghiệp.
Một điểm mới đáng chú ý là việc bãi bỏ giới hạn cho phép khấu trừ thuế GTGT với giao dịch nhỏ hơn 20 triệu đồng, theo đó tất cả giao dịch mua hàng hóa, dịch vụ đều phải có thanh toán không dùng tiền mặt để đủ điều kiện khấu trừ. Điều này tạo áp lực cho doanh nghiệp phải nâng cấp quy trình mua sắm, thanh toán và kế toán để đáp ứng yêu cầu mới.
Các thay đổi này đồng thời gắn với nỗ lực của cơ quan thuế nhằm hạn chế gian lận và nâng cao minh bạch thuế, trong bối cảnh nhiều hình thức xuất khẩu mới như thông qua nền tảng thương mại điện tử quốc tế, xuất khẩu qua kho ngoại quan hoặc dịch vụ kỹ thuật số cũng được quy định rõ điều kiện khấu trừ và hoàn thuế.
3. Thực trạng kế toán thuế giá trị gia tăng đầu vào trong các doanh nghiệp xuất khẩu
Việc tổ chức kế toán thuế GTGT đầu vào ở nhiều doanh nghiệp vẫn còn tồn tại không ít bất cập, xuất phát từ đặc thù quy trình sản xuất phức tạp và yêu cầu chặt chẽ về chứng từ theo quy định. Thực trạng này thể hiện qua một số khía cạnh nổi bật.
Thứ nhất, nhiều doanh nghiệp xuất khẩu vẫn gặp khó khăn trong khâu thu thập và kiểm soát chứng từ đầu vào. Dù hóa đơn điện tử đã được sử dụng rộng rãi, nhưng không ít trường hợp doanh nghiệp mua hàng từ các nhà cung cấp nhỏ lẻ hoặc các đơn vị không tuân thủ đầy đủ nghĩa vụ kê khai thuế. Điều này dẫn đến tình trạng hóa đơn không hợp lệ, hóa đơn bị điều chỉnh nhiều lần hoặc hóa đơn không tồn tại trên hệ thống của cơ quan thuế. Khi tiến hành kiểm tra hoàn thuế, doanh nghiệp phải giải trình dài dòng, ảnh hưởng lớn đến tiến độ xử lý hồ sơ. Ở nhiều doanh nghiệp sản xuất theo mô hình gia công, số lượng hóa đơn đầu vào lớn, thuộc nhiều nhóm chi phí và nhiều nguồn cung ứng khác nhau, khiến công tác kiểm soát càng khó khăn hơn.
Thứ hai, việc phân loại và phân bổ thuế GTGT đầu vào giữa hoạt động xuất khẩu và hoạt động nội địa vẫn chưa thống nhất. Một số doanh nghiệp xuất khẩu đồng thời bán hàng trong nước, dẫn đến sử dụng nguyên liệu và dịch vụ chung. Việc phân bổ thuế đầu vào theo tỷ lệ doanh thu hoặc theo tiêu thức phù hợp được quy định rõ, nhưng thực tế nhiều đơn vị chưa có phương pháp theo dõi chi tiết, dẫn đến sai lệch trong khai báo. Một số doanh nghiệp vẫn hạch toán gộp toàn bộ chi phí đầu vào mà không phân loại theo mục đích sử dụng, khiến cơ quan thuế phải yêu cầu giải trình nhiều lần trước khi chấp nhận số thuế đề nghị hoàn. Những sai sót này phần lớn xuất phát từ việc hệ thống quản trị nội bộ chưa hoàn chỉnh, hoặc đội ngũ kế toán chưa được đào tạo chuyên sâu về đặc thù hoạt động xuất khẩu.
Thứ ba, công tác đối chiếu hóa đơn và dữ liệu trên hệ thống thuế còn chưa được thực hiện thường xuyên. Không ít doanh nghiệp chỉ rà soát hóa đơn vào thời điểm lập hồ sơ hoàn thuế, dẫn đến những bất cập phát hiện quá muộn như hóa đơn bị sai mã số thuế, sai thuế suất, hoặc nhà cung cấp đã ngừng hoạt động. Các sai sót này không chỉ khiến doanh nghiệp mất thời gian điều chỉnh mà còn làm gián đoạn tiến trình nộp hồ sơ. Một số doanh nghiệp lớn đã áp dụng phần mềm đối chiếu tự động nhưng doanh nghiệp vừa và nhỏ vẫn xử lý thủ công, dẫn đến độ chính xác thấp.
Thứ tư, thực trạng lập hồ sơ hoàn thuế GTGT vẫn còn nhiều điểm hạn chế. Theo Điều 37 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP, hồ sơ hoàn thuế đòi hỏi sự đồng bộ giữa tờ khai hải quan, chứng từ thanh toán qua ngân hàng, hợp đồng xuất khẩu, vận đơn và các bảng kê thuế đầu vào. Tuy nhiên, trong nhiều trường hợp, số liệu trên các chứng từ không trùng khớp. Một số doanh nghiệp xuất khẩu nông sản, thủy sản thường giao hàng theo nhiều đợt, thanh toán theo nhiều phương thức, khiến tài liệu lưu trữ rời rạc và khó chứng minh mối liên hệ giữa hàng mua vào và hàng xuất ra. Đây là nguyên nhân khiến nhiều hồ sơ bị kéo dài thời gian xử lý hoặc bị yêu cầu kiểm tra sau hoàn thuế.
Bên cạnh đó, vấn đề minh bạch trong quản lý kho và quy trình sản xuất cũng ảnh hưởng đáng kể đến kế toán thuế GTGT đầu vào. Doanh nghiệp có chu kỳ sản xuất dài, sử dụng nhiều loại nguyên liệu và phụ liệu thường gặp khó khăn trong việc tách biệt phần nguyên liệu dùng cho hàng xuất khẩu. Những doanh nghiệp áp dụng định mức sản xuất thiếu chặt chẽ hoặc không cập nhật theo thực tế thường bị cơ quan thuế yêu cầu giải trình về tỷ lệ hao hụt, dẫn đến nguy cơ bị loại một phần thuế đầu vào. Trong một số trường hợp, doanh nghiệp chỉ lưu hồ sơ theo dạng tổng hợp mà không có chứng từ chi tiết, làm giảm mức độ tin cậy của số liệu khi kiểm tra.
Thứ năm, sự thay đổi thường xuyên của chính sách thuế cũng tạo áp lực lớn cho doanh nghiệp. Quy định về hóa đơn điện tử, tiêu chuẩn đầu vào được khấu trừ, quy trình kiểm tra sau hoàn thuế, hay quy định quản lý rủi ro của cơ quan thuế thay đổi theo từng thời kỳ. Nếu doanh nghiệp không cập nhật kịp thời, việc xử lý thuế GTGT đầu vào rất dễ gặp lỗi. Nhiều doanh nghiệp phản ánh, thời gian chờ hoàn thuế kéo dài chủ yếu do phải bổ sung hồ sơ, thay đổi mẫu biểu hoặc điều chỉnh báo cáo theo quy định mới.
Ngoài ra, nhân sự kế toán ở nhiều doanh nghiệp xuất khẩu chưa được đào tạo bài bản về nghiệp vụ hoàn thuế. Thực tế cho thấy, một số doanh nghiệp giao toàn bộ việc lập hồ sơ cho nhân viên mới hoặc nhân viên kiêm nhiệm, dẫn đến sai sót trong tính toán hoặc thiếu chứng từ theo yêu cầu. Ở cấp quản lý, nhiều doanh nghiệp cũng chưa chú trọng đầu tư hệ thống kế toán quản trị hiện đại, khiến công tác theo dõi, đối chiếu và tra cứu dữ liệu còn chậm, ảnh hưởng đến khả năng minh bạch khi làm việc với cơ quan thuế.
Tóm lại, mặc dù quy định pháp luật về thuế GTGT ngày càng rõ ràng và hệ thống hải quan, thuế đã số hóa mạnh mẽ, nhưng thực trạng kế toán thuế GTGT đầu vào trong doanh nghiệp xuất khẩu vẫn thể hiện nhiều hạn chế. Những khó khăn này nếu không được khắc phục sẽ ảnh hưởng trực tiếp đến khả năng hoàn thuế, dòng tiền và hiệu quả sản xuất - kinh doanh của doanh nghiệp.
4. Các giải pháp hoàn thiện kế toán thuế giá trị gia tăng đầu vào trong doanh nghiệp xuất khẩu
Để công tác kế toán thuế GTGT đầu vào trong doanh nghiệp xuất khẩu vận hành ổn định và giảm rủi ro sai sót, điều quan trọng nhất vẫn là sự gắn kết giữa quản trị nội bộ và yêu cầu pháp lý. Trong bối cảnh các quy định mới về chứng từ, thanh toán và điều kiện hoàn thuế ngày càng chặt chẽ, doanh nghiệp không thể chỉ trông chờ vào bộ phận kế toán mà phải tổ chức lại cả chuỗi xử lý thông tin liên quan đến hoạt động xuất khẩu.
Một trong những việc cần làm sớm là rà soát toàn bộ quy trình lập và lưu trữ chứng từ. Nhiều doanh nghiệp hiện để các bộ phận hoạt động tách rời, dẫn đến chứng từ vận chuyển, hóa đơn, bảng kê thuế đầu vào hay tờ khai hải quan không trùng khớp nhau. Việc xây dựng quy trình phối hợp giữa kế toán, logistics, phòng xuất nhập khẩu và bộ phận kinh doanh sẽ giúp dòng chứng từ được kiểm soát ngay từ khi ký hợp đồng đến khi hàng được thông quan. Khi các văn bản mới yêu cầu mọi khoản thanh toán từ mức quy định phải thực hiện qua ngân hàng, việc kiểm tra điều khoản thanh toán trong hợp đồng cũng phải được chú trọng, tránh trường hợp chứng từ hợp lệ nhưng không đủ điều kiện khấu trừ do thanh toán chưa đúng quy định.
Ứng dụng công nghệ quản lý dữ liệu là một giải pháp mang tính nền tảng. Nhiều doanh nghiệp lớn đã chuyển sang sử dụng hệ thống quản lý chứng từ điện tử, nơi hóa đơn, hợp đồng, vận đơn và tờ khai hải quan được lưu trong cùng một kho dữ liệu. Nhờ đó, việc đối chiếu thông tin trở nên thuận tiện, giảm đáng kể sai sót khi lập hồ sơ hoàn thuế. Doanh nghiệp vừa và nhỏ dù không có khả năng đầu tư hệ thống phức tạp vẫn có thể triển khai các phần mềm quản lý hóa đơn hoặc giải pháp lưu trữ đám mây để đảm bảo chứng từ luôn sẵn sàng khi cần giải trình với cơ quan thuế.
Bên cạnh công nghệ, yếu tố con người giữ vai trò quyết định. Quy định liên quan đến thuế GTGT thay đổi thường xuyên, đặc biệt là với hàng xuất khẩu. Vì vậy, các doanh nghiệp nên tổ chức các buổi cập nhật văn bản pháp luật hoặc tham gia lớp tập huấn của cơ quan thuế. Nhân sự nắm được cách kiểm tra hóa đơn, cách đối chiếu chứng từ vận chuyển và điều kiện thanh toán sẽ giúp doanh nghiệp giảm rủi ro bị loại chi phí khấu trừ hoặc kéo dài thời gian hoàn thuế.
Cuối cùng, doanh nghiệp nên chủ động trao đổi với cơ quan thuế và hải quan khi phát sinh nghiệp vụ mới hoặc khi chưa chắc chắn về cách xác định điều kiện khấu trừ. Việc có ý kiến hướng dẫn chính thức ngay từ đầu vừa giúp doanh nghiệp yên tâm thực hiện, vừa tránh tranh cãi khi kiểm tra sau hoàn.
Tài liệu tham khảo:
Quốc hội (2024). Luật số 48/2024/QH15 - Luật Thuế Giá trị gia tăng.
Chính phủ (2025). Nghị định số 181/2025/NĐ-CP của Chính phủ: Quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Thuế Giá trị gia tăng.
Nguyễn Minh Triết và Trần Ái Tiên (2024). Chính sách hoàn thuế GTGT đầu vào đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu: Thực trạng và kiến nghị, Tạp chí Kế toán Kiểm toán, số tháng 4/2024.
Nguyễn Minh Triết và Trần Ái Tiên (2023). Thuế GTGT: Một số bất cập và kiến nghị hoàn thiện, Tạp chí Công Thương, số 24 tháng 11/2023.
Input value-added tax accounting in export enterprises
Luong Thi Yen
Faculty of Accounting and Auditing, University of Economics - Technology for Industries
Abstract:
The recording and control of input value-added tax (VAT) play a critical role in cost management and cash flow management, particularly for export-oriented enterprises. This study examines the current practices of input VAT accounting in export businesses, focusing on operational processes and institutional interactions. The findings indicate that enterprises frequently face challenges related to documentation requirements, payment procedures, and information reconciliation with tax and customs authorities, which often result in prolonged VAT refund timelines and increased financial costs. By elucidating these constraints and their implications for financial performance, the study provides an in-depth understanding of the factors affecting the effectiveness of input VAT accounting and tax refund mechanisms in export activities.
Keywords: value-added tax, input tax, export businesses, tax accounting, tax refund, accounting documents.
[Tạp chí Công Thương - Các kết quả nghiên cứu khoa học và ứng dụng công nghệ, Số 33 năm 2025]
