Trong quá trình soạn thảo, Bộ Công an đã quán triệt, thể chế hóa chủ trương, quan điểm, tư tưởng chỉ đạo của Đảng, Nhà nước trong hoạt động điều tra, tổ chức, hoạt động của cơ quan điều tra hình sự nhằm bảo vệ an ninh quốc gia, giữ gìn trật tự, an toàn xã hội thời kỳ đẩy mạnh công nghiệp hóa, hiện đại hóa và hội nhập quốc tế.
Việc xây dựng các dự án luật bảo đảm phù hợp Hiến pháp năm 2013, sự đồng bộ, thống nhất của hệ thống pháp luật; tôn trọng và đảm bảo quyền con người, quyền và lợi ích hợp pháp của cơ quan, tổ chức và cá nhân trong hoạt động điều tra hình sự.
“Quá trình xây dựng hai dự án luật được tiến hành chặt chẽ, khoa học dựa trên việc tổng kết thực tiễn, nghiên cứu lý luận về hoạt động điều tra hình sự, bảo đảm sự phối hợp chặt chẽ, tham gia đóng góp ý kiến của các cơ quan hữu quan”, Bộ trưởng Trần Đại Quang khẳng định.
Đối với dự án Luật Tổ chức điều tra hình sự, thảo luận tại tổ, nhiều ý kiến đề nghị bổ sung thẩm quyền điều tra các tội khủng bố, tội tài trợ khủng bố cho cơ quan An ninh điều tra. Ngoài ra, để bảo đảm tính linh hoạt, đáp ứng yêu cầu thực tiễn công tác đấu tranh phòng, chống tội phạm, dự thảo luật cần bổ sung quy định cơ quan An ninh điều tra có thẩm quyền điều tra một số vụ án khác do cấp có thẩm quyền giao trong trường hợp cần thiết.
Việc bổ sung quy định kiểm ngư, cơ quan thuế, Ủy ban Chứng khoán Nhà nước là cơ quan được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra là nội dung đã được đề cập trong dự án Luật Tổ chức điều tra hình sự và dự án Luật Tố tụng hình sự sửa đổi.
Tuy nhiên, qua thảo luận tại hội trường, đa số ý kiến đề nghị giữ nguyên như quy định của pháp luật hiện hành, không bổ sung kiểm ngư, cơ quan thuế, Ủy ban Chứng khoán Nhà nước là cơ quan được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra.
Về thẩm quyền điều tra của cơ quan điều tra thuộc Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao quy định tại Điều 30 dự thảo luật, nhiều ý kiến đề nghị cơ bản giữ như quy định của Pháp lệnh Tổ chức điều tra hình sự năm 2004. Tuy nhiên, cần quy định cụ thể hơn theo hướng chỉ rõ từng tội danh trong nhóm các tội xâm phạm hoạt động tư pháp thuộc thẩm quyền điều tra của các cơ quan này.
Cơ quan điều tra Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao, cơ quan điều tra Viện Kiểm sát quân sự Trung ương không được độc lập tiến hành điều tra các vụ án về tham nhũng, chức vụ do cán bộ tư pháp thực hiện; chỉ khi tiến hành điều tra vụ án hình sự về tội xâm phạm hoạt động tư pháp mà người phạm tội là cán bộ, công chức tư pháp, phát hiện người đó còn phạm tội về tham nhũng, chức vụ thì mới được khởi tố, điều tra để đảm bảo tính liên tục…
Các ý kiến đều khẳng định sự cần thiết thành lập lực lượng Cảnh sát chống buôn lậu chuyên trách; giao quyền điều tra ban đầu cho Cảnh sát phòng, chống tội phạm sử dụng công nghệ cao…