Công thức làm bánh trôi bánh chay khá đơn giản, chỉ cần bột gạo nếp, đường phên và nhân đậu xanh. Nhưng để viên bánh ngon mát, ngọt lành thì bí quyết nằm ở khâu chọn nguyên liệu. Gạo làm bánh trôi, bánh chay phải là loại gạo nếp cái hoa vàng và pha theo tỷ lệ cứ 8 phần hoặc 9 phần nếp với 1 đến non 2 phần gạo.
Đường để làm nhân bánh trôi ngon nhất phải kể đến đường phên Dương Liễu, Cát Quê. Những miếng đường phên đặc biệt hơn các loại đường thông thường, ấn tượng nhất là miếng đường màu đỏ nâu, rắn đanh và giòn, hương thơm mát.
Bánh nặn xong, sẽ được thả vào nồi nước sôi. Bánh chìm xuống rồi nổi lên "ba chìm bảy nổi, chín lênh đênh" là được. Sau đó vớt ra và ngâm trong nước lọc đã đun sôi để nguội cho săn trở lại rồi vớt ra bày lên đĩa.
Vài năm trở lại đây, sự xuất hiện của bánh trôi bánh chay ngũ sắc được cho là góp phần làm ngày Tết Hàn thực của người Việt thêm thú vị. Không chỉ phụ nữ nội trợ, mà những chị em công sở, nhưng cô gái chưa chồng, cũng coi việc làm bánh trôi bánh chay ngũ sắc là một thử thách rất đáng để thử.
Để làm được bánh trôi bánh chay ngũ sắc, có thể dùng thực phẩm để tạo màu cho bánh như bánh màu đỏ làm từ quả gấc, bánh màu xanh từ lá dứa hoặc trà xanh, bánh màu cam từ bí ngô, bánh màu tím từ bắp cải tím, bánh màu hồng từ nước cốt củ dền, bánh màu nâu đậm từ bột cacao, màu tím lá cẩm, màu vàng từ quả chanh leo hoặc hoa dành dành,màu xanh từ hoa đậu biếc, màu trắng nguyên thuỷ. Cách làm vẫn như bánh trôi bánh chay truyền thống, chỉ mất công hơn ở khâu "nhuộm màu" cho bánh.
