Ngày 19/11/1955, Ban lãnh đạo công trường được thành lập, đồng thời cũng trong thời gian này, Ban thường vụ Tỉnh ủy Lào Cai cho phép Mỏ thành lập chi bộ Đảng đầu tiên của Mỏ Apatít Lào Cai gồm 07 đồng chí: Nguyễn Văn Lang, Trần Ngọc Lạt, Phan Cương Nhu, Nguyễn Xuân Quế, Ngô Đình Tao... cũng từ thời điểm này, mọi hoạt động của Mỏ đều đặt dưới sự lãnh đạo trực tiếp của chi bộ Đảng.
Hoạt động của Chi bộ mỏ được đặt dưới sự lãnh đạo của Ban thường vụ Tỉnh ủy Lào Cai, sự chỉ đạo trực tiếp của Bộ Công thương (sau đó là Tổng cục Hóa chất, nay là Tổng Công ty Hóa chất Việt Nam). Từ khi chi bộ Đảng mỏ Apatít Lào Cai được thành lập, cấp ủy Đảng đã thường xuyên quan tâm đến công tác tuyên truyền, giáo dục, vận động công nhân viên chức, nhân dân địa phương tích cực học chữ, học nghề, lãnh đạo tổ chức tự đào tạo tại chỗ, tuyển chọn tiếp nhận lực lượng lao động từ mọi vùng miền Tổ quốc về xây dựng đất Mỏ. Đặc biệt, Chi bộ chú trọng bồi dưỡng, rèn luyện đội ngũ cán bộ các cấp đáp ứng yêu cầu phát triển Mỏ. Từ chi bộ Đảng mỏ Apatít Lào Cai ban đầu với 07 đảng viên, cho đến nay (30/6/2005), Đảng bộ Công ty Apatít Lào Cai đã có 686 đảng viên. Từ năm 1991, Ban thường vụ Tỉnh ủy Lào Cai đã quyết định nâng cấp Đảng bộ Công ty thành Đảng bộ cấp trên cơ sở. Toàn Đảng bộ Công ty có 23 chi, đảng bộ cơ sở, trong đó có 46 chi bộ trong 8 đảng bộ cơ sở. Hiện nay, toàn Công ty có 33 đơn vị phòng ban cơ quan trực thuộc Công ty, ở các vị trí lãnh đạo, quản lý chủ chốt các cấp đều do đảng viên phụ trách. Tỷ lệ đảng viên trong công nhân viên chức chiếm gần 20%.
Trải qua 50 năm, Đảng bộ Công ty đã tập trung lãnh đạo toàn diện SX - KD, củng cố giữ vững an ninh chính trị trật tự an toàn doanh nghiệp, luôn luôn tăng cường công tác xây dựng Đảng. Từ Đại hội lần thứ nhất đầu năm 1957 đến Đại hội lần thứ XVIII (tháng 11/2000), mỗi kỳ Đại hội đều đánh dấu một bước trưởng thành vững chắc của Đảng bộ về cả chính trị, tư tưởng, tổ chức. Qua các thời kỳ, Đảng bộ Công ty đều tổ chức triển khai quán triệt thực hiện các cuộc vận động xây dựng chỉnh đốn Đảng. Công tác tự phê bình và phê bình trong Đảng bộ được tăng cường, chất lượng tổ chức cơ sở Đảng và đảng viên được nâng lên rõ rệt. Từ năm 1993 đến nay, Đảng bộ không có tổ chức cơ sở Đảng yếu kém, tỷ lệ cơ sở Đảng trong sạch vững mạnh tăng lên năm sau cao hơn năm trước. Đảng viên loại I (nay là đảng viên đủ tư cách hoàn thành tốt nhiệm vụ) chiếm tỷ lệ ngày càng cao. Công tác phát triển Đảng được đẩy mạnh cả về số lượng và chất lượng. Tỷ lệ đảng viên trẻ, là nữ, là dân tộc thiểu số ngày càng tăng. Mối quan hệ giữa Đảng bộ các cấp với quần chúng được tăng cường, niềm tin của công nhân viên chức với Đảng được củng cố vững chắc, vai trò lãnh đạo của cấp ủy các cấp trong Công ty được củng cố và nâng cao.
Bước sang thời kỳ đổi mới, từ năm 1986 đến nay, Đảng bộ Công ty Apatít Lào Cai đã kết nạp được 550 đảng viên mới, đảm bảo chất lượng và nâng cao năng lực lãnh đạo và sức chiến đấu của Đảng bộ. Mỏ Apatít Lào Cai đã thực hiện chuyển đổi mô hình từ mô hình quản lý mỏ (xí nghiệp) sang mô hình xí nghiệp liên hợp và chuyển tiếp sang mô hình Công ty. Từ khi chuyển đổi theo cơ chế thị trường định hướng XHCN, gần 20 năm qua, Công ty luôn luôn hoàn thành vượt mức kế hoạch giao. Từng bước, CB CNVC của Công ty thích ứng với cơ chế thị trường, đời sống việc làm ổn định, cải thiện, an ninh an toàn doanh nghiệp đảm bảo. Tình hình sản xuất kinh doanh ngày càng phát triển.
Thực hiện Nghị quyết Đại hội Đảng bộ Công ty khóa XVIII, từ 2001 - 2004, sản xuất kinh doanh của Công ty đạt mức tăng trưởng bình quân trên 10%/năm; hoàn thành nghĩa vụ đối với Nhà nước; lãi gần 30 tỷ đồng; thu nhập bình quân trên 1,4 triệu đồng/người/tháng.
50 năm qua, dưới sự lãnh đạo của Đảng bộ Công ty, Công ty Apatít Lào Cai đã lập được nhiều thành tích trong SX - KD, được Nhà nước tặng thưởng: 01 Huân chương Lao động hạng I; 2 Huân chương Lao động hạng II; 3 Huân chương Lao động hạng III; 1 Huân chương Chiến công hạng II. Ngoài ra, Công ty còn được tặng nhiều cờ thi đua và Bằng khen của UBND tỉnh Lào Cai và Bộ chủ quản; 01 đồng chí được tặng danh hiệu Anh hùng Lao động, gần 700 lượt tổ đội lao động XHCN; trên 1500 lượt chiến sỹ thi đua các cấp; 1186 cá nhân được tặng Huân huy chương các loại về thành tích kháng chiến chống Mỹ cứu nước. Năm 2004, Công ty được Nhà nước tặng thưởng Huân chương Lao động hạng Nhất. Nhiều cán bộ, công nhân của Công ty đã anh dũng hy sinh trong sự nghiệp xây dựng và bảo vệ Tổ quốc, nhiều người đã cống hiến cả tuổi thanh xuân cho sự phát triển và trưởng thành của Công ty. Đây là những tấm gương sáng cho các thế hệ sau học tập.
Bước sang năm 2005, năm cuối thực hiện Nghị quyết Đại hội Đảng toàn quốc lần thứ IX; Và là năm có nhiều ngày kỷ niệm lớn: 75 năm ngày thành lập Đảng Cộng sản Việt Nam, 58 năm ngày thành lập Đảng bộ tỉnh Lào Cai, 50 năm ngày thành lập Đảng bộ Công ty, toàn thể cán bộ, đảng viên, công nhân viên chức Công ty Apatít Lào Cai nguyện đoàn kết, thống nhất biến quyết tâm thành hành động cách mạng, thực hiện thắng lợi 4 chương trình trọng tâm và 14 đề án, Nghị quyết của Đảng ủy Công ty khóa XVIII, đóng góp vào sự nghiệp công nghiệp hóa, hiện đại hóa đất nước, thực hiện mục tiêu dân giàu, nước mạnh, xã hội công bằng, dân chủ văn minh, góp phần xây dựng tỉnh Lào Cai giàu đẹp.