Ngày 20/3/2020, Bộ Công Thương có văn bản hỏa tốc gửi Ban Chỉ đạo Quốc gia phòng, chống dịch bệnh viêm đường hô hấp cấp do chủng mới của virus Corona gây ra, Bộ Y tế và Bộ Giao thông về việc áp dụng thống nhất trên toàn quốc quy trình kiểm dịch y tế biên giới cho phương tiện và người điều khiển phương tiện tham gia hoạt động xuất nhập khẩu, vận chuyển hàng hóa.
Cụ thể, thực hiện ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ, đảm bảo mục tiêu kép vừa chống dịch Covid-19, vừa không gây gián đoạn quá mức cần thiết cho hoạt động xuất nhập khẩu hàng hóa, Bộ Công Thương đã có các công văn số 708/BCT-XNK ngày 5/2/2020 gửi Bộ Y tế và số 725/BCT-XNK ngày 6/2/2020 gửi Ban Chỉ đạo Quốc gia phòng, chống dịch bệnh viêm đường hô hấp cấp do chủng mới của vi rút Corona gây ra về việc xây dựng quy trình thống nhất áp dụng cho phương tiện và người điều khiển phương tiện tham gia hoạt động xuất nhập khẩu, vận chuyển hàng hóa qua các cảng biển và cửa khẩu biên giới.
Tại các công văn này, Bộ Công Thương đã nhấn mạnh ngoài biên giới phía Bắc, tuyến đầu của các biện pháp phòng chống dịch, các cảng biển và cửa khẩu biên giới phía Tây, phía Tây Nam cũng đang triển khai nhiều biện pháp, quy trình khác nhau để kiểm soát dịch bệnh. Nếu không có sự chỉ đạo thống nhất, sự khác biệt này có thể gây ảnh hưởng nhất định đến hoạt động xuất nhập khẩu.
Ngày 21/2/2020, Bộ Y tế đã có công văn số 829/BYT-MT hướng dẫn công tác kiểm dịch y tế phòng chống lây nhiễm Covid-19 đối với phương tiện và người điều khiển phương tiện vận chuyển hàng hóa tại các cửa khẩu đường bộ, đường sắt, cảng biển và cảng hàng không. Tuy nhiên, hướng dẫn tại công văn số 829/BYT-MT của Bộ Y tế mới chỉ áp dụng cho hoạt động xuất nhập khẩu, vận chuyển hàng hóa qua các cửa khẩu biên giới giáp Trung Quốc, chưa được áp dụng đối với tuyến biên giới giáp với Lào và Campuchia.
Trước các diễn biến phức tạp của dịch bệnh, cả Việt Nam, Lào và Campuchia đã bắt áp dụng các biện pháp chặt chẽ hơn tại cửa khẩu biên giới đất liền, hạn chế, thậm chí ngừng hẳn việc cho phép công dân qua lại biên giới (như Campuchia). Từ đây, đã bắt đầu phát sinh hiện tượng ùn tắc hàng hóa xuất nhập khẩu tại một số cửa khẩu tại các tỉnh giáp biên giới với Lào và Campuchia.
Để vừa thống nhất triển khai đồng bộ các biện pháp quản lý, phòng chống dịch bệnh, vừa tránh những tác động tiêu cực đối với hoạt động xuất nhập khẩu hàng hóa, Bộ Công Thương đề nghị Ban chỉ đạo giao Bộ Y tế chủ trì, phối hợp với Bộ Công Thương và Bộ Giao thông vận tải xây dựng ngay quy trình về kiểm dịch y tế biên giới đối với phương tiện và người điều khiển phương tiện tham gia hoạt động xuất nhập khẩu, vận chuyển hàng hóa tại các cửa.
Sau khi có quy trình thống nhất, giao Ủy ban nhân dân các tỉnh biên giới (chủ yếu là biên giới phía Tây, phía Tây Nam) làm việc với chính quyền địa phương phía Bạn để thống nhất áp dụng.