Do tích cực đầu tư cải tạo các lò cao, nên đến nay năng lực sản xuất phân lân nung chảy của Công ty đã tăng gấp 3 công suất ban đầu. Ngoài đầu tư xây dựng cải tạo lò cao, Công ty còn đầu tư một số hạng mục liên quan trực tiếp đến bảo vệ môi trường gồm các hạng mục sau:
Năm 2005, Công ty đầu tư khoảng 400 triệu đồng lắp đặt thíêt bị hoà vôi, cấp sữa vôi để xử lý khí thải, nước thải lò cao, đảm bảo tiêu chuẩn, trước khi thải ra môi trường. Đầu tư xây lắp các thiết bị bể lắng có dung tích 1500 m3 để lắng lọc nước thải, thu hồi chất rắn, đảm bảo môi trường trong khu vực; đầu tư các hệ thống băng chuyền vận chuyển sản phẩm nhập kho, thay thế xe nâng, nhằm giảm bụi, cải thiện điều kiện môi trường làm việc trong kho, giảm lao động nặng nhọc cho công nhân… Bên cạnh đầu tư trực tiếp cho các dây chuyền sản xuất, Công ty còn đổ bê tông hàng nghìn mét vuông đường ô tô, bến bãi, mương máng thoát nước trong toàn bộ khuôn viên và xung quanh Công ty, kết hợp với trồng cây xanh bóng mát, trồng cây cảnh… làm giảm lượng phát sinh bụi hàng ngày trong khu vực sản xuất và đường ra vào Công ty, tạo cảnh quan Công ty luôn “xanh, sạch, đẹp”.
Xác định công tác khoa học công nghệ luôn là yếu tố quan trọng trong việc nâng cao hiệu quả sản xuất kinh doanh, ngoài cải tạo lò cao để nâng cao hiệu suất chuyển hoá của bán thành phẩm phân lân, Công ty còn ứng dụng kết quả nghiên cứu các đề tài như, tận thu nguồn nguyên liệu quặng bột dưới sàn để ép thành bánh nguyên liệu chính đưa vào lò, áp dụng công nghệ sản xuất phân NPK từ lân nung chảy. Từ năm 2006, Công ty chính thức áp dụng hệ thống quản lý chất lượng ISO 9001-2000 đã được tổ chức UKAS của Anh cấp bằng chứng nhận.
Cùng với việc đầu tư cho sản xuất và bảo vệ môi trường, Công ty còn luôn quan tâm giải quyết tốt các vấn đề có liên quan đến công tác an toàn lao động, vệ sinh công nghiệp, tập trung đào tạo huấn luyện an toàn lao động cho các cán bộ quản lý, công nhân lao động, trực tiếp trang bị phòng hộ lao động cho cán bộ, công nhân, bồi dưỡng độc hại, ăn ca, chăm sóc sức khoẻ người lao động.
Do tích cực đầu tư thiết bị công nghệ, xử lý ô nhiễm môi trường, nên sau nhiều lần kiểm tra đánh giá chất lượng, Công ty đã được Bộ Tài nguyên và Môi trường: “Chứng nhận Công ty cổ phần Phân lân Ninh Bình đã hoàn thành việc thực hiện các biện pháp xử lý triệt để theo Quyết định số 64/2003/QĐ-TTg ngày 22/4/2003 của Thủ tướng Chính phủ; Công ty cổ phần Phân lân Ninh Bình đã có trách nhiệm đảm bảo các chỉ tiêu phát thải đáp ứng tiêu chuẩn Việt Nam về môi trường”(Quyết định số 132/ QĐ-TNMT ngày 21 tháng 01 năm 2006).