Theo đó, tại công văn số 6031/VPCP-KTTH ngày 9/7 của Văn phòng Chính phủ truyền đạt ý kiến chỉ đạo của Phó Thủ tướng Chính phủ Vương Đình Huệ đã giao Bộ Tài chính chủ trì, phối hợp với Bộ Công Thương, Bộ Tư pháp và các cơ quan liên quan giải quyết dứt điểm theo đúng chức năng, nhiệm vụ và thẩm quyền được giao đối với các vướng mắc, khiếu nại của DN liên quan đến C/O xăng dầu NK trong giai đoạn từ 14/9/2016 đến ngày 8/3/2017 theo đúng quy định của pháp luật về hải quan, về xuất nhập khẩu, luật ban hành văn bản quy phạm pháp luật và Điều ước quốc tế mà Việt Nam là thành viên.
Trên cơ sở giao nhiệm vụ của Bộ Tài chính, Tổng cục Hải quan hướng dẫn cục hải quan các tỉnh, thành phố: Đồng Nai, Đồng Tháp, Quảng Nam, Quảng Ninh, Bà Rịa-Vũng Tàu thực hiện.
Cụ thể căn cứ Quy tắc 13 Phụ lục 8 Hiệp định Thương mại hàng hóa ASEAN (Hiệp định ATIGA); Điều 3 Phụ lục 7 Thông tư 22/2016/TT-BCT của Bộ Công Thương (thay thế Thông tư 21/2010/TT-BCT); Điều 24, Điều 27 Luật Hải quan; Điều 13 Nghị định 19/2006/NĐ-CP của Chính phủ, các tờ khai NK xăng dầu đăng ký từ thời điểm ngày 14/9/2016 đến ngày 8/3/2017 không nộp C/O tại thời điểm làm thủ tục hải quan thì không đủ điều kiện áp dụng thuế suất ưu đãi đặc biệt.
Tổng cục Hải quan yêu cầu cục hải quan các tỉnh, thành phố: Đồng Nai, Đồng Tháp, Quảng Nam, Quảng Ninh, Bà Rịa-Vũng Tàu thông báo cáo DN liên quan biết và tiến hành truy thu số thuế đã hoàn trước đó cho các tờ khai xăng dầu do không đủ điều kiện để áp dụng thuế suất ưu đãi đặc biệt.