Trong giai đoạn thí điểm này có một đặc trưng chủ yếu là chuyển một số DNNN có quy mô lớn, có nhiều đơn vị trực thuộc sang hoạt động theo mô hình công ty mẹ – công ty con. Tuy nhiên, yếu tố quan trọng quyết định phải là sự tự thân vận động của doanh nghiệp được chuyển đổi. Tức là doanh nghiệp được chuyển đổi phải có tiềm lực mạnh; kinh doanh đa ngành, đa lĩnh vực; hoạt động sản xuất kinh doanh trong những năm gần đây đạt hiệu quả kinh tế cao... và những điều kiện này do pháp luật quy định. Như vậy, về mặt hình thức thì việc hình thành tập đoàn kinh tế theo mô hình công ty mẹ- công ty con theo ý chí chủ quan, nhưng về nội dung thì đó là sự tuân theo các quy luật của nền kinh tế thị trường, yếu tố tự thân vận động của các doanh nghiệp được chuyển đổi. Do đó, trong quá trình chuyển đổi một số doanh nghiệp nhà nước sang hoạt động theo mô hình công ty mẹ – công ty con cần phải xem xét kỹ sự phù hợp với những điều kiện chuyển đổi của các doanh nghiệp được chuyển đổi hình thức hoạt động. Trong trường hợp quyết định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền không phù hợp với các điều kiện chuyển đổi mô hình doanh nghiệp thì nó sẽ phá vỡ những quy luật khách quan chi phối việc hình thành mô hình tập đoàn kinh tế, dẫn đến sự yếu kém trong hoạt động sản xuất kinh doanh của các doanh nghiệp được chuyển đổi.
Khi xây dựng đề án chuyển đổi, một trong những vấn đề luôn được quan tâm đó là xác định công ty mẹ, cơ cấu tổ chức của công ty mẹ.
Đối với trường hợp tổng công ty nhà nước chuyển sang hoạt động theo mô hình công ty mẹ – công ty con, cần căn cứ vào thực tế của từng tổng công ty để xác định công ty mẹ và có thể tiến hành theo một trong số các phương thức sau:
Cơ quan tổng công ty được tổ chức thành công ty mẹ. Theo quy định Điều 4 Nghị định số 153/2004/NĐ-CP của Chính phủ thì tổng công ty do Nhà nước quyết định đầu tư và thành lập là hình thức liên kết và tập hợp các công ty thành viên hạch toán độc lập và các đơn vị thành viên khác theo quy định của pháp luật, có mối quan hệ gắn bó với nhau về lợi ích kinh tế, công nghệ, thị trường và các dịch vụ kinh doanh khác, hoạt động trong một hoặc một số chuyên ngành kinh tế – kỹ thuật hành chính, nhằm tăng cường tích tụ, tập trung vốn và chuyên môn hóa ngành nghề sản xuất - kinh doanh của các đơn vị thành viên và toàn tổng công ty. Tổng công ty có tư cách pháp nhân. Một trong điều kiện tạo thành pháp nhân theo điều 94 Bộ Luật Dân sự là tổ chức phải có tài sản độc lập với tổ chức và cá nhân khác. Vốn của tổng công ty bao gồm vốn do Nhà nước đầu tư, vốn do tổng công ty tự có và các nguồn vốn khác theo quy định của pháp luật. Yếu tố pháp nhân của tổng công ty đã tạo nên tính độc lập của tổng công ty trong các quan hệ kinh tế. Theo đó, cơ quan tổng công ty được xác định có thể bao gồm: Văn phòng tổng công ty, bộ máy quản lý tổng công ty, chi nhánh của tổng công ty. Nếu cơ quan tổng công ty đủ mạnh thì có thể tổ chức thành công ty mẹ. Khái niệm cơ quan tổng công ty mạnh ở đây được hiểu là sau khi chuyển thành công ty mẹ thì bản thân nó có đủ năng lực về tài chính, công nghệ, thị trường... để có thể chi phối các công ty con và giữ vai trò chủ đạo trong hoạt động. Cơ cấu tổ chức, quản lý công ty mẹ sẽ thực hiện theo quy định tại Điều 20 Nghị định 153/2004/NĐ-CP . Mặt khác, cần xác định rõ chức năng sản xuất, đầu tư tài chính, đào tạo của công ty mẹ để thành lập những đơn vị hạch toán phụ thuộc công ty mẹ. Sau khi chuyển đổi, công ty mẹ kế thừa quyền và nghĩa vụ của tổng công ty trước đây.
Trường hợp tổng công ty khi chuyển đổi nhưng năng lực của cơ quan tổng công ty hiện tại không đủ mạnh, do đó không thực hiện vai trò chủ đạo của mình thì việc sáp nhập cơ quan tổng công ty với một hay một số doanh nghiệp thành viên hạch toán độc lập có đủ năng lực sản xuất kinh doanh đủ mạnh để hình thành công ty mẹ là cần thiết. Do công ty thành viên hạch toán độc lập là một pháp nhân nên mặc dù chịu sự chi phối, kiểm soát của công ty mẹ trong một số lĩnh vực như: vốn, nhân sự, kế hoạch kinh doanh nhưng công ty này vẫn có quyền độc lập với tổng công ty. Luật Doanh nghiệp nhà nước đặt ra những quy định bảo đảm quyền tự chủ trong sản xuất kinh doanh của các doanh nghiệp. Bên cạnh đó, công ty thành viên của tổng công ty có thể có những lợi thế kinh doanh mà công ty mẹ không có. Do đó, trên thực tế xảy ra tình trạng năng lực sản xuất của công ty con rất mạnh. Theo đó, việc xác định công ty mẹ trong những trường hợp này cần thực hiện theo phương thức kết hợp giữa cơ quan tổng công ty với công ty thành viên có năng lực mạnh, nhằm đảm bảo yếu tố công ty mẹ có khả năng chi phối các công ty con.
Trường hợp chuyển đổi tổng công ty hạch toán toàn ngành thì văn phòng Tổng công ty, cơ quan quản lý của tổng công ty và các công ty thành viên hạch toán phụ thuộc có vị trí then chốt trong tổng công ty, hoặc hoạt động trong lĩnh vực kinh doanh chủ yếu của tổng công ty được tổ chức lại thành công ty mẹ.
Đối với việc chuyển đổi các công ty hạch toán độc lập thuộc tổng công ty, công ty nhà nước độc lập thì khi xác định công ty mẹ cũng cần xem xét đến từng trường hợp cụ thể để sắp xếp cơ cấu tổ chức và cơ chế tài chính của công ty mẹ cho phù hợp.
Về loại hình pháp lý của công ty mẹ, theo khoản 3 Điều 30 Nghị định số 153/2004/NĐ-CP thì công ty mẹ được chuyển đổi từ tổng công ty, công ty thành viên hạch toán độc lập thuộc tổng công ty, công ty nhà nước độc lập, về bản chất vẫn là công ty nhà nước khi đáp ứng điều kiện của việc chuyển đổi. Công ty mẹ thuộc diện Thủ tướng Chính phủ phê duyệt, do Nhà nước nắm giữ 100% vốn điều lệ và hoạt động theo Luật Doanh nghiệp nhà nước. Trong trường hợp các công ty đó đáp ứng đủ điều kiện chuyển đổi nhưng không được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt, Nhà nước nắm giữ 100% vốn điều lệ thì công ty mẹ sau khi chuyển đổi sẽ phải tổ chức dưới hình thức công ty trách nhiệm hữu hạn hai thành viên trở lên 100% vốn nhà nước, công ty trách nhiệm hữu hạn hai thành viên trở lên có vốn góp chi phối của Nhà nước hoặc không chi phối của Nhà nước, công ty cổ phần 100% vốn nhà nước, công ty cổ phần có vốn góp chi phối hoặc không chi phối của Nhà nước. Đối với trường hợp công ty thành viên hạch toán độc lập, chuyển đổi thành công ty mẹ nhưng vẫn tiếp tục ở trong cơ cấu của Tổng công ty đã chuyển đổi hoạt động theo mô hình công ty mẹ – công ty con thì công ty thành viên này phải là doanh nghiệp hoạt động theo Luật Doanh nghiệp tức là doanh nghiệp đó phải hoạt động dưới hình thức công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên, công ty trách nhiệm hữu hạn hai thành viên trở lên, công ty cổ phần (Điều 31 Nghị định 153/2004/NĐ-CP). Quy định này là phù hợp với nguyên tắc tổ chức mô hình công ty mẹ – công ty con và phù hợp với Điều 19 Nghị định 153/2004/NĐ-CP , có nghĩa là trong cơ cấu của mô hình công ty mẹ – công ty con không bao gồm công ty nhà nước.
Về tên gọi của công ty mẹ, có thể lấy tên công ty hoặc sử dụng tên gọi chung của tổng công ty. Trường hợp công ty thành viên hạch toán độc lập, tổng công ty chuyển đổi theo mô hình công ty mẹ – công ty con thì công ty mẹ chuyển đổi từ công ty thành viên hạch toán độc lập thì không được lấy tên của Tổng công ty. Trên thực tế, một số công ty mẹ như Tổng công ty Rượu-Bia-Nước giải khát Hà Nội, Tổng công ty Rượu-Bia-Nước giải khát Sài Gòn, Tập đoàn Than Việt Nam, Tập đoàn Dệt-May Việt Nam vẫn mang tên cũ. Tuy nhiên, một điểm cần lưu ý, công ty mẹ chuyển đổi từ tổng công ty thì việc lấy tên tổng công ty làm tên công ty mẹ hoặc công ty mẹ lấy tên là tập đoàn điều đó không có nghĩa cả tổ hợp công ty mẹ – công ty con hay cả tập đoàn là tổ chức có tư cách pháp nhân mà chỉ khi tổng công ty, tập đoàn với vai trò là công ty mẹ thì mới được coi là pháp nhân vì tổ hợp công ty mẹ – công ty con không có tư cách pháp nhân (khoản 2 Điều 18 Nghị định số 153/2004/NĐ-CP ). Tổ hợp đó là sự liên kết kinh tế, trong đó công ty mẹ là một pháp nhân, công ty con là một pháp nhân.
Tóm lại, khi chuyển đổi một số DNNN sang hoạt động theo mô hình công ty mẹ – công ty con, cần nhận thức đúng những điều kiện cần thiết của việc chuyển đổi doanh nghiệp sang hoạt động theo mô hình đó. Ngoài ra, cần xác định công ty mẹ đóng vai trò đầu tầu trong tập đoàn. Nếu xây dựng được công ty mẹ đủ mạnh sẽ có ý nghĩa quan trọng trong việc đảm bảo ổn định, hiệu quả hoạt động của công ty mẹ, công ty con và cả tập đoàn. Trong trường hợp lấy cơ quan tổng công ty, công ty chuyển đổi đóng vai trò công ty mẹ thì sự kết hợp giữa bộ máy quản lý, thương hiệu sản phẩm, tài chính, thị trường của bản thân tổng công ty, công ty chuyển đổi phải đủ mạnh để chi phối các công ty con hay mở rộng cơ cấu tổ chức. Nếu sự kết hợp giữa bộ máy quản lý, thương hiệu sản phẩm, tài chính, thị trường của bản thân tổng công ty, công ty chuyển đổi không đủ mạnh để chi phối các công ty con hay mở rộng hoạt động thì yêu cầu đặt ra là cần thiết kết hợp sức mạnh của văn phòng tổng công ty cộng với tiềm lực của đơn vị thành viên để trở thành công ty mẹ.