Đầu năm 2004, được sự phê duyệt của Thủ tướng Chính phủ, Bộ KH&CN bắt đầu cho triển khai thực hiện dự án tổng thể "Ứng dụng và phát triển PMNM ở Việt nam giai đoạn 2004 - 2008" nhằm dần từng bước hội nhập với sự phát triển PMNM trên thế giới. Việc Bộ Giáo dục và Đào tạo ký thoả thuận với SUN về sử dụng StarOffice sẽ là bước đệm rất quan trọng trong việc chuyển sang các ứng dụng nguồn mở (Linux) trong ngành Giáo dục. Một số trường cũng đã có kế hoạch sử dụng hệ điều hành Linux trong công tác giảng dạy và học tập như: ĐHQG HN, ĐH Cần Thơ, ĐH Huế. Năm 2004, Trường ĐHBK còn tổ chức ngày hội về PMNM để hưởng ứng ngày Quốc tế về PMNM và PM tự do. Bắt đầu từ 2005, Bộ GD&ĐT đã đưa nội dung thi về PMNM thành nội dung chính trong cuộc thi OLYMPIC tin học sinh viên Việt Nam được tổ chức hàng năm. Đây là dấu ấn quan trọng trong việc phát triển cộng đồng PMNM ở Việt Nam. Ngoài ra, một số tổ chức như Văn phòng TW Đảng, trung tâm APTECH, một số công ty cũng đã có những định hướng và cam kết tham gia vào phát triển các ứng dụng PMNM, trong đó nổi bật có Công ty Vietsoftware đã ứng dụng "cổng thông tin điện tử" trên nền nguồn mở, bắt đầu là ở HN, nay đã nhân rộng cho hơn 10 tỉnh thành trên cả nước.
Những kết qủa ban đầu đó đã minh chứng cho sự đúng đắn khi lựa chọn việc ứng dụng và phát triển PMNM ở VN. Tuy nhiên, chúng ta cũng gặp rất nhiều khó khăn từ phía khách quan lẫn chủ quan trong những bước đi đầu tiên của tiến trình đó. Những tài liệu và thông tin về PMNM còn ít, khiến cho việc nhận thức trong các doanh nghiệp và cộng đồng về vấn đề này còn thấp, thậm chí còn có nhận thức sai lệch như "PMNM là miễn phí". Các ứng dụng trên nền nguồn mở, và số lượng các công ty tham gia vào phát triển các ứng dụng đó còn hạn chế, vì thế rất thiếu những mô hình kinh doanh thành công để giới thiệu cho các doanh nghiệp. Đồng thời, nguồn nhân lực thiếu cả về số lượng và chất lượng, đội ngũ chuyên gia CNTT được đào tạo và am hiểu về PMNM vẫn hạn chế, chưa đáp ứng được nhu cầu ứng dụng và phát triển PMNM mà Thủ tướng Chính phủ đã đề ra. Quyết định số 325/QĐ - TTg phê duyệt về dự án ứng dụng PMNM có đưa ra 9 tiểu dự án, thì trong đó đã có 3 tiểu dự án chuyên về đào tạo nhân lực. Ngoài ra, các tiểu dự án khác cũng đều có nội dung liên quan đến đào tạo nhân lực với một tỷ trọng tương đối lớn. Đây chính là nội dung quan trọng và mang tính quyết định đến việc triển khai thành công Dự án tổng thể này. Về nguồn nhân lực cho phát triển PMNM, có 3 đối tượng được tập trung đào tạo là: đội ngũ giáo viên; các chuyên gia kỹ thuật và quản lý; người sử dụng, với các hình thức đào tạo khác nhau, trong đó đào tạo loang (cử giáo viên, chuyên gia đi đào tạo cho các đơn vị có yêu cầu) và đào tạo qua mạng (E - leaning) có ý nghĩa phổ cập rất quan trọng. Với đội ngũ giáo viên cho PMNM, thì phương thức đào tạo các giảng viên CNTT của các trường chính là con đường tiết kiệm nhất về thời gian, kinh phí và tận dụng được tri thức sẵn có, bởi chỉ trong thời gian ngắn đã có được một đội ngũ giáo viên phục vụ công tác giảng dạy tại các trường đại học, cao đẳng và dạy nghề.
Một vấn đề nan giải mà chúng ta gặp phải, đó chính là vấn đề sử dụng phần mềm không có bản quyền còn quá phổ biến. Việc chưa tạo ra sức ép phải sử dụng phần mềm có bản quyền sẽ khó đưa PMNM vào triển khai trong thực tiễn. Chúng ta đều biết rằng, Việt Nam đã ký Hiệp định thương mại với Hoa Kỳ và đang trong trong tiến trình đàm phán để tham gia Tổ chức thương mại Quốc tế (WTO) thì việc thực thi nghiêm ngặt việc bảo hộ quyền sở hữu trí tuệ nói chung và phần mềm nói riêng là một trong những điều kiện tiên quyết để thực hiện Hiệp định, cũng như tham gia WTO. Hiện tại, theo thống kê của Liên minh phần mềm thương mại (BSA), tỉ lệ vi phạm bản quyền của Việt Nam đang bị xếp vào loại cao nhất trên thế giới. Để giảm tỉ lệ này, thời gian gần đây, các cơ quan chức năng cũng đã đi kiểm tra các công ty hoạt động kinh doanh trong lĩnh vực CNTT và tiến hành xử phạt các công ty vi phạm. Việc này sẽ ngày càng phải làm chặt chẽ và thường xuyên hơn, vì đây là một biện pháp để giảm tỉ lệ vi phạm bản quyền. Tuy nhiên, trên thực tế, biện pháp này xem ra khó đạt được hiệu quả, bởi đối với một nước đang phát triển như Việt Nam, muốn giải quyết vấn đề này, đòi hỏi phải có một lượng kinh phí rất lớn để trả cho các bản quyền phần mềm.
Nhà nước có chính sách bắt buộc sử dụng phần mềm trong nước. Đây là một cơ hội lớn cho PMNM phát triển, vì chỉ có PMNM mới đem lại cơ hội thực sự cho các doanh nghiệp phần mềm Việt Nam tạo ra các sản phẩm của riêng mình và thúc đẩy ngành công nghiệp phần mềm trong nước phát triển. Với lợi thế của PMNM đó là cho phép chúng ta quyền chạy, sửa đổi, sao chép, phân phối lại chương trình mà không cần phải xin phép và trả tiền bản quyền. Do những ưu việt như vậy, nếu chúng ta đẩy mạnh được việc đưa PMNM vào ứng dụng và triển khai, thì chúng ta có thể giải quyết vấn đề bản quyền phần mềm một cách hữu hiệu với một chi phí thấp. Một điều quan trọng nữa, đó là tiền đầu tư cho ứng dụng và phát triển PMNM được giữ lại trong nước mà không phải trả cho các công ty nước ngoài. Điều này thúc đẩy mở rộng thị trường CNTT trong nước và tạo ra công ăn việc làm mới.
