Đến đời vua Lý Nhân Tông (1076) nhà vua cho xây dựng thêm nhà Quốc Tử Giám, đây được coi là là trường Đại học đầu tiên của nước ta. Đời nhà Trần, Quốc Tử Giám được gọi là Viện Quốc học. Trong Văn Miếu có Khuê Văn Các (Sao Khuê là sao chủ về văn học). Việc thi cử được tổ chức đầu tiên vào năm 1075 dưới thời vua Lý Nhân Tông tới khoa thi cuối vào đời Lê Chiêu Thống (1787).
82 tấm bia đá dựng trên lưng rùa đá còn lại tới nay ở Văn Miếu có ghi tên 1036 tiến sỹ, 46 Trạng Nguyên. Việc dựng bia Tiến sỹ là do ý tưởng của vua Lê Thánh Tông, một ông vua học rộng tài cao, luôn coi trọng việc giáo dục chăm lo bồi dưỡng hiền tài cho đất nước. Văn bia được tiến hành xây dựng trong một thời gian dài gần 300 năm (1484 - 1780).
Trên những tấm bia có khắc tên những nhà sử học, bác học, văn học nổi tiếng như Ngô Sĩ Liên, Lê Văn Hưu (Nhà sử học) Lê Quý Đôn (bác học), Lương Thế Vinh (Toán học), Lương Như Hộc (ông tổ nghề in), Ngô Thì Nhậm (Nhà văn học)...
Những tấm bia đá trong Văn Miếu có nghệ thuật chạm khắc tinh xảo, điêu luyện của các nghệ nhân đương thời thực sự là những tác phẩm nghệ thuật, pho sử bằng đá đồ sộ. Đọc nó ta thấy được quan điểm giáo dục thời phong kiến, không khí sôi động thi cử thời xưa và tên của các bậc danh nho, các dòng họ có truyền thống khoa bảng.
Trải qua bao biến cố của thời gian, chiến tranh tàn phá, Văn Miếu - Quốc Tử Giám được trùng tu và xây dựng lại nhiều hạng mục. Đặc biệt nhân dịp Kỷ niệm 990 năm Thăng Long - Hà Nội, ba toà nhà lớn với kiến trúc cổ trên nền khu Thái học, Khải Thánh xưa đã được khánh thành. Trong khu nhà Thái học mới có đặt 4 bức tượng đồng của các danh nhân : Lý Thánh Tông, Lý Nhân Tông, Lê Thánh Tông và Chu Văn An, Lầu Chuông, Lầu Trống được đặt trang trọng hai bên.
Xuân ất Dậu 2005 đến thăm Văn Miếu - Quốc Tử Giám trên đất Thăng Long, các du khách thập phương sẽ cảm thấy lòng mình thanh thản hơn, trong sáng hơn. Văn Miếu - Quốc Tử Giám xứng danh là một công trình văn hoá lớn của dân tộc, niềm tự hào của nhân dân Việt Nam và người dân Hà Nội - Thủ đô anh hùng -Thành phố vì hoà bình. /.
