Tập thể bộ đội Trường Sơn đã được Đảng và Nhà nước tuyên dương Anh hùng LLVTND, Huân chương Sao Vàng, Huân chương Hồ Chí Minh, Huân chương Quân công hạng Nhất, Nhì, Ba; Huân chương Quân công Giải phóng hạng Nhất, Nhì… 82 tập thể và 47 cá nhân được tặng danh hiệu Anh hùng LLVTND và 3 tập thể, 3 cá nhân được tặng danh hiệu Anh hùng Lao động thời kỳ đổi mới. Ngoài ra, còn có hàng vạn cán bộ chiến sĩ được tặng thưởng Huân, Huy chương và các phần thưởng cao quý khác. Binh đoàn 12 - đã được tặng thưởng: Huân chương Độc lập hạng Nhất, Huân chương Quân công Hạng Nhất, Huân chương Quân công hạng Ba, 6 lần được tặng cờ của HĐBT (nay là Chính phủ), 2 lần được tặng cờ của Bộ Quốc phòng, 5 tập thể Anh hùng LLVTND, 3 tập thể Anh hùng Lao động, 3 cá nhân được phong tặng danh hiệu Anh hùng Lao động, 2 công trình đạt chuẩn chất lượng tiêu biểu thập kỷ 90 (Thế kỷ XX), 6 công trình được trao tặng Huy chương Vàng chất lượng cao. Năm 2002 được tặng Cờ thi đua của Chính phủ; năm 2005 được tặng Huân chương Lao động hạng Nhất về thành tích xây dựng đường Hồ Chí Minh.
Từ sau ngày đất nước thống nhất đến nay, Binh đoàn chuyển sang làm nhiệm vụ xây dựng kinh tế quốc phòng, đã tham gia khôi phục, phát triển kinh tế Tây Nguyên, xây dựng hàng trăm công trình lớn, trọng điểm trong nước và quốc tế. Năm 1989, Binh đoàn 12 chuyển thành doanh nghiệp kinh tế quốc phòng và được đổi tên thành Tổng công ty Xây dựng Trường Sơn với chức năng: Xây dựng công trình giao thông; thuỷ lợi; thuỷ điện; công trình công nghiệp; dân dụng; đường dây tải điện và trạm biến thế; công trình cấp thoát nước và nhiều công trình khác; xây dựng và kinh doanh phát triển nhà và bất động sản; khảo sát thiết kế và tư vấn xây dựng; sản xuất kinh doanh vật liệu xây dựng; sản xuất, sửa chữa máy móc, thiết bị, sản phẩm cơ khí cho xây dựng. Trồng, chế biến, kinh doanh sản phẩm cây công nghiệp (cà phê, cao su…). Khai hoang trồng rừng, khai thác và chế biến gỗ, lâm sản; vận tải đường bộ, đường sông; xuất nhập khẩu vật tư, VLXD, máy móc thiết bị phục vụ xây dựng của Tổng công ty; đào tạo nghề và cung ứng lao động trong nước; tìm kiếm, thăm dò, xử lý bom mìn, vật liệu nổ…
Năm 2005, mặc dù có nhiều khó khăn thách thức như: Tiến độ thi công nhiều công trình đòi hỏi gấp; một số cơ chế chính sách của Nhà nước thay đổi: như tăng lương cơ bản, giá vật tư xăng dầu, sắt thép… giá thành xây lắp một số công trình tăng nhưng dự toán chậm được điều chỉnh bổ sung, thủ tục nghiệm thu thanh toán nhiều công trình chậm, dẫn đến khó khăn về tài chính, điều kiện cho vay vốn của ngân hàng chặt chẽ và chậm được giải quyết. Được sự lãnh đạo, chỉ đạo thường xuyên của Đảng uỷ Quân sự TƯ - Bộ Quốc phòng, cùng với sự chỉ đạo, điều hành quyết liệt của chỉ huy các cấp; sự nỗ lực phấn đấu của cán bộ, công nhân viên, năm 2005, Tổng công ty đã hoàn thành nhiệm vụ được giao. Doanh thu đạt trên 1.260 tỷ đồng, trúng thầu và được chỉ định thầu 189 công trình với tổng giá trị 1.829,729 tỷ đồng, tăng 35% so với năm trước, thu nhập bình quân của người lao động đạt 1,757 triệu đồng/người/tháng; Nhiều công trình quan trọng được triển khai thi công, hoàn thành đúng tiến độ đảm bảo chất lượng. Trong năm qua, đơn vị đã bàn giao 160 công trình, trong đó có hơn 200 km đường giao thông, 416 m cầu, khảo sát thiết kế 329 km đường các loại, trong đó có một số công trình trọng điểm của Nhà nước như: Đường Trường Sơn (nhánh Tây, đoạn Khe Gát – Tăng Ký dài 138 km), đường dẫn hầm đèo Hải Vân. Hiện nay, đơn vị đang thi công các công trình: Cầu và đường dẫn Bãi Cháy - Quảng Ninh, đường cao tốc Nội Bài - Bắc Ninh; Thuỷ điện Buôn Kuốp; Buôn Tua San (Đắk Lắk); Thuỷ điện Sơn La; Thuỷ điện Bản Chát; đường Đông Trường Sơn và hiện được giao làm tổng thầu thi công Thuỷ điện Sêrêpok 3 (Tây Nguyên).
Từ những kết quả đã đạt được, uy tín và thương hiệu của Tổng công ty đã được giữ vững và từng bước nâng cao, Tổng công ty và Công ty Tư vấn khảo sát thiết kế đã được cấp chứng nhận Hệ thống quản lý chất lượng theo tiêu chuẩn ISO 9001-2000. Đây là một trong những tiêu chuẩn cần thiết để sẵn sàng tham gia tiến trình hội nhập khu vực và quốc tế trong những năm tới.
Song song với việc đẩy mạnh sản xuất, Tổng công ty còn tích cực trong các hoạt động xã hội như tham gia xây dựng nhiều công trình ở vùng sâu, vùng xa, khu kinh tế quốc phòng, giúp dân xoá đói giảm nghèo, góp phần giữ vững an ninh chính trị, trật tự an toàn xã hội, trên các địa bàn đóng quân, giữ được uy tín của đơn vị làm kinh tế, vị thế và truyền thống của Bộ đội Trường Sơn. Đặc biệt, Tổng công ty đã thực hiện tốt công tác chính sách hậu phương quân đội và phong trào “Đền ơn đáp nghĩa”: Đã xây dựng Quỹ “Đền ơn đáp nghĩa” với 158 triệu đồng; xây tặng 5 nhà tình nghĩa trị giá 60 triệu đồng; tặng 88 sổ tiết kiệm trị giá gần 50 triệu đồng; thăm hỏi tặng quà cho các đối tượng chính sách, các trại thương binh nặng; ủng hộ Quỹ “Trẻ em Việt Nam” bị nhiễm chất độc da cam, Quỹ “Vì người nghèo”, quỹ thiên tai, ủng hộ các Hội ở địa phương nơi đóng quân và các chương trình khác, với tổng trị giá gần 1 tỷ đồng. Trước mắt, thực hiện sự chỉ đạo của Bộ Quốc phòng, trong Quý I/2006, TCT xây dựng và bàn giao 25 nhà tình nghĩa cho đối tượng chính sách ở tỉnh Quảng Trị. Là đơn vị kế tục truyền thống Đoàn 559 – Bộ đội Trường Sơn anh hùng, Tổng công ty luôn tận tình và chu đáo, có trách nhiệm cao trong việc giải quyết các tồn đọng về chính sách cho các cựu chiến binh Trường Sơn. Trong đó đã đón tiếp trên 8 ngàn lượt người đến giải quyết các thủ tục xác nhận khen thưởng huân huy chương, thương binh, liệt sỹ, chất độc màu da cam và tìm mộ liệt sỹ v.v… và hơn 15 vạn khách của 2.941 đoàn đến thăm quan Bảo tàng đường Hồ Chí Minh. Riêng năm 2006 đón 271.316 lượt khách. Bảo tàng thực sự là nơi thu hút khách du lịch trong và ngoài nước, là địa chỉ đỏ, góp phần giáo dục truyền thống, lịch sử, tinh thần yêu nước, lòng tự hào của dân tộc, của Quân đội nói chung và của Bộ đội Trường Sơn cho thế hệ trẻ hôm nay.
Năm 2006, Tổng công ty xây dựng Trường Sơn phấn đấu đạt giá trị sản xuất 1.400-1.500 tỷ đồng (tăng trưởng 8-10% so với năm 2005), doanh thu đạt 1.215 tỷ đồng, đồng thời đẩy mạnh công tác xây dựng đơn vị vững mạnh toàn diện, xây dựng tổ chức Đảng trong sạch vững mạnh và đẩy mạnh các phong trào thi đua quyết thắng trong tổ chức Đoàn, Hội phụ nữ. Phấn đấu đạt 98% cơ sở Đảng trong sạch vững mạnh (trong đó có 30-40% đạt vững mạnh xuất sắc); hơn 80% tổ chức Đoàn đạt tiêu chuẩn vững mạnh, trên 70% đoàn viên đạt xuất sắc; 90% Công đoàn cơ sở đạt vững mạnh.
Không chỉ giỏi trong chiến đấu mà còn là đơn vị mạnh trong xây dựng và phát triển kinh tế, Tổng công ty Xây dựng Trường Sơn xứng đáng là một trong những cánh chim đầu đàn của Quân đội nhân dân Việt Nam trong sự nghiệp xây dựng và bảo vệ Tổ quốc.
