Theo Hiệp hội Chế biến và Xuất khẩu thủy sản Việt Nam, ngày 1/10/2009, Hiệp định Đối tác Kinh tế Việt Nam – Nhật Bản (VJEPA) có hiệu lực. Theo cam kết trong vòng 10 năm kể từ khi Hiệp định có hiệu lực, Nhật Bản sẽ miễn thuế đối với 94% hàng hóa của Việt Nam xuất khẩu vào thị trường này đặc biệt là miễn thuế đối với 86% sản phẩm nông nghiệp (trong đó có mặt hàng cá ngừ) xuất khẩu của Việt Nam. Tuy nhiên kể từ khi hiệp định VJEPA có hiệu lực cho đến nay XK cá ngừ của Việt Nam sang Nhật Bản không khả quan hơn.
Bốn năm sau khi hiệp định có hiệu lực, giai đoạn 2010 – 2012, XK cá ngừ của Việt Nam sang Nhật Bản đã tăng từ 17 triệu USD lên gần 54 triệu USD. Sự tăng trưởng này là nhờ gia tăng XK cá ngừ tươi sống và đông lạnh sang thị trường này.
Tuy nhiên, từ năm 2013 – 2016, XK cá ngừ của Việt Nam sang Nhật Bản giảm liên tục xuống còn 19,3 triệu USD. Và hiện giá trị XK cá ngừ của Việt Nam sang thị trường này chỉ dao động ở mức 24-25 triệu USD. Sự sụt giảm này là do XK cá ngừ tươi sống và đông lạnh sang thị trường này giảm. Do đó, Nhật Bản từ thị trường XK cá ngừ lớn thứ 3 đã tụt xuống vị trí thứ 5 trong tốp 8 thị trường xuất khẩu cá ngừ lớn nhất của Việt Nam.
Theo các DN, sự sụt giảm XK cá ngừ sang thị trường Nhật Bản là nguồn lợi cá ngừ tại các ngư trường giảm khiến sản lượng khai thác của Việt Nam giảm, bên cạnh đó chất lượng bảo quản cá ngừ sau khai thác không tốt nên nguồn cung cá ngừ tươi sống và đông lạnh khan hiếm. DN có xu hướng chuyển sang đẩy mạnh XK cá ngừ chế biến. Tuy nhiên các sản phẩm cá ngừ chế biến của Việt Nam nhập khẩu vào Nhật Bản khó cạnh tranh được với với các nước khu vực như Thái Lan, Philippines do thuế cao.
Cụ thể, đối với mặt hàng cá ngừ vằn đóng hộp (canned skipjack tuna - mã HS: 1604.14.010) xuất khẩu sang Nhật Bản, kể từ tháng 4/2009 Thái Lan đã được hưởng mức thuế suất ưu đãi là 3,2% tiếp đó giảm xuống còn 1,1% kể từ tháng 4/2011 theo Hiệp định đối tác kinh tế Nhật Bản – Thái Lan (JTEPA) và xuống còn 0% từ tháng 4/2012. Còn Philipine và Việt Nam đang được hưởng mức thuế 6,4%. Với mức thuế suất này, cá ngừ đóng hộp của Việt Nam không thể cạnh tranh được với Thái Lan.
Đối với mặt hàng cá ngừ vây vàng đóng hộp (canned yellowfin tuna – mã HS 1604.14.092) và thăn/philê cá ngừ hấp đông lạnh (frozen skipjack/yellowfin/albacore tuna loins – mã HS 1604.14.099) xuất khẩu sang Nhật Bản, kể từ tháng 4/2009 Thái Lan đã được hưởng mức thuế suất ưu đãi là 4,8% tiếp đó giảm xuống còn 1,6% kể từ tháng 4/2011 và xuống còn 0% từ tháng 4/2012 theo JTEPA. Còn Philipine cũng đang được hưởng mức thuế 4,8% tiếp đó sẽ giảm xuống còn 2,4% từ tháng 4/2011 và 1,2% từ tháng 4/2012 và xuống còn 0% từ tháng 4/2013 theo chế độ ưu đãi thuế quan phổ cập (GSP). Trong khi đó doanh nghiệp xuất khẩu cá ngừ Việt Nam vẫn đang phải chịu mức thuế cao hơn 40% so với các nước này tương đương 7,2% theo GSP, 9,6% theo Hiệp định đối tác kinh tế Việt Nam - Nhật Bản (VJEPA) khi xuất sang thị trường Nhật thậm chí cũng không được cắt giảm hàng năm đến 0% như những nước này.
Lý giải về việc này, Bộ Công thương cho biết là do Việt Nam ký kết EPA với Nhật Bản sau 2 nước Thái Lan và Philipine nên lộ trình giảm thuế của Việt Nam chậm hơn 2 nước trên. Do đó hầu hết các mặt hàng của Việt Nam không chỉ cá ngừ chế biến đều có lộ trình giảm thuế muộn hơn.
Hơn thế nữa, giữa Việt Nam Thái Lan và Philipine có mục tiêu ưu tiên trong đàm phán khác nhau do vậy việc cam kết khác nhau ở cùng một mặt hàng là bình thường. Trước khi ký Hiệp định VJEPA, mặt hàng cá ngừ chiếm tỷ trọng rất nhỏ trong tổng kim ngạch XK sang Nhật Bản. Do đó nhóm mặt hàng này không phải nhóm hàng ưu tiên hàng đầu trong đàm phán trong khi đó nhóm hàng này lại nhạy cảm với Nhật Bản nên một số dòng thuế trong nhóm này như cá ngừ đóng hộp thuộc danh mục loại trừ.
Chính vì vậy, sau VJEPA ngành cá ngừ của Việt Nam không phải là ngành được hưởng lợi, mà dự kiến sau khi Hiệp định Đối tác Xuyên Thái Bình Dương (CPTPP) có hiệu lực, XK cá ngừ của Việt Nam sang Nhật Bản mới có nhiều cơ hội khởi sắc hơn.
CPTPP được đánh giá là sẽ mang lại nhiều lợi thế và cơ hội xuất khẩu cho các doanh nghiệp chế biến và xuất khẩu cá ngừ Việt Nam, do mặt hàng này sẽ được giảm thuế theo lộ trình ở nhiều quốc gia tham gia CPTPP. Đơn cử như các sản phẩm thăn/philê cá ngừ đông lạnh mã HS0304 của Việt Nam sang một số quốc gia sẽ được giảm thuế theo lộ trình 3 năm, từ mức thuế cơ sở 20% xuống còn 0%.
Ngoài ra, các sản phẩm cá ngừ chế biến đóng hộp mã HS16 sẽ giảm thuế theo lộ trình 16 năm, cuối cùng sẽ được xóa bỏ hoàn toàn. Dự kiến giá trị xuất khẩu cá ngừ năm 2019 sẽ đạt 1 tỷ USD, tăng 50% so với năm 2018.
Hiệp định Đối tác Kinh tế Việt Nam - Nhật Bản (VJEPA) được ký kết ngày 25/12/2008 và có hiệu lực bắt đầu từ ngày 1/10/2009.
Đây là FTA song phương đầu tiên của Việt Nam, trong đó cả Việt Nam và Nhật Bản dành nhiều ưu đãi cho nhau hơn so với FTA ASEAN - Nhật Bản.