Cụ thể, tại khoản 3 Điều 6 Nghị định số 111/2020/NĐ-CP ngày 18/9/2020 của Chính phủ quy định: “3. Đối với các tờ khai hải quan của các mặt hàng xuất khẩu, nhập khẩu đăng ký từ ngày 01 tháng 8 năm 2020 đến trước ngày Nghị định này có hiệu lực thi hành, nếu đáp ứng đủ các quy định để được hưởng thuế suất thuế xuất khẩu ưu đãi, thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt của Việt Nam tại Nghị định này và đã nộp thuế theo mức thuế cao hơn thì được cơ quan Hải quan xử lý tiền thuế nộp thừa theo quy định của pháp luật về quản lý thuế”.
Theo đó, đối với các tờ khai hải quan nhập khẩu đăng ký từ ngày1/8/2020 đến trước ngày Nghị định 111/2020/NĐ-CP có hiệu lực thi hành, người khai hải quan được bổ sung chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa để được xem xét áp dụng thuế suất ưu đãi đặc biệt. Đơn vị căn cứ quy định của dẫn trên và hướng dẫn tại công văn số 6283/TCHQ-TXNK ngày 24/9/2020 của Tổng cục Hải quan để thực hiện.
Về chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa cấp trước thời điểm Hiệp định có hiệu lực, Điều 39 Thông tư số 11/2020/TT-BCT ngày 15/6/2020 của Bộ Công Thương quy định: “Ưu đãi thuế quan EVFTA được áp dụng đối với hàng hóa đáp ứng quy định tại Thông tư này và, vào ngày EVFTA có hiệu lực, hàng hóa ở tại một Nước thành viên hoặc trong quả trình vận chuyển, lưu kho tạm thời, trong kho ngoại quan hoặc trong khu phi thuế quan với điều kiện chứng từ chứng nhận xuất xứ phát hành sau được nộp cho cơ quan Hải quan Nước thành viên nhập khẩu. Trong trường hợp được yêu cầu, nhà nhập khẩu nộp chứng từ ching minh hàng hóa không thay đổi xuất xứ theo quy định tại Điều 17 Thông tư này cho cơ quan Hải quan Nước thành viên nhập khẩu”.
Theo đó, cơ quan Hải quan chỉ chấp nhận chứng từ chứng nhận xuất xứ mà nội dung khai báo tự chứng nhận xuất xứ được cấp kể từ ngày Hiệp định có hiệu lực.
Về thời gian và địa điểm phát hành khai báo tự chứng nhận xuất xứ, trường hợp lời văn khai báo không thể hiện thông tin về địa điểm và ngày tháng phát hành nội dung khai báo tự chứng nhận xuất xứ thì cơ quan Hải quan căn cứ thông tin địa điểm và ngày tháng phát hành Phiếu đóng gói hàng hóa.
