Theo sách “Lịch sử Công Thương Việt Nam 1945-2010”, đầu năm 1965, trong bối cảnh từ một nửa nước có chiến tranh, một nửa nước có hòa bình đã chuyển sang cả nước có chiến tranh; miền Nam đã là tiền tuyến lớn, miền Bắc phải trở thành hậu phương lớn, ngành Công Thương chủ động xây dựng kế hoạch đảm nhiệm trọng trách công nghiệp hóa xã hội chủ nghĩa, phục vụ sản xuất, đáp ứng nhu cầu tiêu dùng trong điều kiện có chiến tranh, tập trung vào những nội dung sau:
- Xây dựng cơ sở vật chất kỹ thuật cho công nghiệp hóa; bảo vệ và khôi phục cơ sở sản xuất công nghiệp, quan tâm đến cân đối cơ cấu hoàn chỉnh giữa công nghiệp nặng và công nghiệp nhẹ.
- Chú trọng đặc biệt tới phát triển ngành Cơ khí, Năng lượng (điện và than).
- Phát triển công nghiệp địa phương, tiểu thủ công nghiệp phục vụ nông nghiệp; chú trọng các cơ sở cơ khí nhỏ, sản xuất phương tiện vận tải, nông cụ, sản xuất vôi, xi măng, chế biến thực phẩm và hàng tiêu dùng.
- Phát triển mạng lưới mậu dịch quốc doanh và hợp tác xã mua bán.
- Tập trung nắm các nguồn hàng thiết yếu phục vụ các nhu cầu về sản xuất, xây dựng, quốc phòng, đời sống nhân dân; thúc đẩy xuất khẩu và tăng nhanh lực lượng dự trữ của Nhà nước.
- Chi viện cho miền Nam.
Về bộ máy tổ chức, đến năm 1960, quản lý ngành Công Thương có 4 Bộ: Công nghiệp nặng, Công nghiệp nhẹ, Nội thương, Ngoại thương. Hệ thống này được duy trì cho đến tháng 8 năm 1969, Bộ Công nghiệp nặng được chia thành: Bộ Điện và Than (Bộ trưởng Nguyễn Hữu Mai), Bộ Cơ khí và Luyện kim (Bộ trưởng Đinh Đức Thiện), Thành lập Bộ Lương thực và Thực phẩm (Bộ trưởng Ngô Minh Loan) trên cơ sở hợp nhất Tổng cục Lương thực với ngành Công nghiệp chế biến thực phẩm tách từ Bộ Công nghiệp nhẹ ra. Thành lập Bộ Vật tư trên cơ sở Tổng cục Vật tư (Bộ trưởng Trần Danh Tuyên).
Như vậy, cùng với các Bộ: Công nghiệp nhẹ, Nội thương, Ngoại thương, đến tháng 8 năm 1969 có 7 bộ quản lý ngành Công Thương.
Đồng thời, thành lập Tổng cục Hóa chất. Tổng cục trưởng: Nguyễn Chấn, tháng 8/1969 đến năm 1973. Ông Lê Tự được bổ nhiệm làm Tổng cục trưởng từ 1973 đến 1981.
Trước đó, vào tháng 9 năm 1955, Bộ Công Thương tách ra thành Bộ Công nghiệp (Bộ trưởng Lê Thanh Nghị) và Bộ Thương nghiệp (Bộ trưởng Phan Anh). Năm 1958, Bộ Thương nghiệp tách ra thành Bộ Nội thương (Bộ trưởng Đỗ Mười) và Bộ Ngoại thương (Bộ trưởng Phan Anh).
Năm 1960, tách Bộ Công nghiệp thành Bộ Công nghiệp nặng (Bộ trưởng Nguyễn Văn Trân), Bộ Công nghiệp nhẹ (Bộ trưởng Kha Vạng Cân).
